I fossili dell’ormai noto Desmatochelys padillai furono scoperti negli anni 40 in Colombia. Il primo studio sistematico fu fatto da Donald Thomas Jeremy Smith al Kingston Polytechnic, Surrey, Inghilterra. In una parte della sua tesi di dottorato nel 1989, suggerì che l’esemplare dovrebbe essere classificato sotto il genere Desmatochelys. Elizabeth L. Nicholls ha confermato questa classificazione nel 1992. A causa delle sue caratteristiche incomplete e della mancanza di informazioni sull’ambiente geologico, la specie è rimasta non descritta al museo dell’Università della California, Berkeley. James Parham, che è una delle autorità tassonomiche della specie, aveva visto i fossili originali a Berkeley quando era ancora un dottorando nel 1996. Ha ricordato: “Se avessi saputo quanto erano vecchi gli esemplari di Berkeley nel 1996, li avrei inclusi nella mia tesi, di sicuro”. Esemplari migliori sono stati scoperti nel 2007 da paleontologi per hobby, Mary Luz Parra e i suoi fratelli Juan e Freddy Parra. Gli esemplari sono stati recuperati a Villa de Leyva in Colombia. La posizione è all’interno della Formazione Paja, che è già datata per appartenere al Cretaceo inferiore, cioè, più di 120 milioni di anni. I fossili erano conservati nelle collezioni del Centro de Investigaciones Paleontológicas di Villa Leyva e dell’University of California Museum of Paleontology. La descrizione formale è stata fatta da Edwin Cadena al Senckenberg Research Institute, e da James Parham alla California State University.