Miután mindkét fél visszavonult (és Horvátország függetlenségét elismerték), hasonló dinamika kezdett kibontakozni Bosznia-Hercegovinában. Ez a köztársaság Horvátország és Szlovénia példáját követve 1992 márciusában kikiáltotta függetlenségét, bár a szerb vezetők addigra már kikiáltották saját függetlenségét a köztársaság többi részétől. Az ezt követő konfliktus a legintenzívebben Bosznia keleti és nyugati területeinek polgári lakosságát érintette, ahol a szerb milíciák a boszniai függetlenség semmissé tételéért harcoltak – és ha ez nem sikerült, akkor e régiók bosnyák lakosságának kiirtásáért. A nemzetközi válasz erre a hadjáratra a “biztonságos területek” létrehozása volt, ahol a bosnyák civileket meg kellett védeni a szerb milíciáktól. A milíciák azonban mégis a biztonságos területeket vették célba. A leghírhedtebb, hogy egy szerb milícia lerohanta a biztonságos területet Srebenica városában, aminek következtében a többnyire bosnyák civil lakosság a közeli ENSZ-bázison keresett menedéket. Ott azonban a Ratko Mladic milicista vezető által vezetett erők meggyőzték az ENSZ-erőket, hogy engedjék meg nekik, hogy szétválasszák a férfiakat a nőktől és a gyerekektől. Az utóbbiakat a bosnyák erők által ellenőrzött övezetbe deportálták. Az előbbieket, több mint 7000 főt, lemészárolták. A későbbi joggyakorlat, mind a Jugoszláviai Nemzetközi Büntetőbíróság, mind a Nemzetközi Bíróság megállapította, hogy a mészárlás népirtásnak minősült.
Később a megmaradt jugoszláv köztársaságok, Macedónia és Montenegró, valamint az egykori autonóm tartomány, Koszovó is elszakadt. Mindegyik esetben létezett a civilek ellen elkövetett, identitásalapú vonalak mentén meghatározott erőszak, a legintenzívebben Koszovóban. 1999-ben egy többoldalú erő tízhetes bombázó hadjáratot folytatott a szerb erők ellen, akiktől a nyugati vezetők attól tartottak, hogy Koszovó függetlenségi törekvéseire válaszul újabb etnikai tisztogatási kampányt indítanak Koszovóban.
A Genocide Studies Program számos szemináriumot tartott a balkáni térség eseményeivel kapcsolatban. Jasmina Besirevic-Regan, a Yale-i Trumbull College előadója és dékánja tagja a GSP tanácsadó testületének.