A nemi diszfória kezelése a beteg nemi identitásával kapcsolatos szorongásának enyhítésére összpontosít. Ez gyakran pszichoterápiát – és különösen dialektikus viselkedésterápiát – jelent, amelyben a terapeuta validálja az érzelmeiket, és segít nekik hatékony megküzdési készségek kifejlesztésében, hogy elkerüljék az olyan dolgokat, mint az önkárosítás és az öngyilkosság. Ha a szorongás depresszióhoz vagy szorongáshoz vezetett, ezeket terápiával vagy gyógyszeres kezeléssel lehet kezelni. A terapeuták a nemi diszfóriás betegekkel és családtagjaikkal is együtt dolgoznak, hogy segítsenek nekik meghatározni a nemi kifejeződésük alakításának legjobb módját a legegészségesebb kimenetel érdekében.
Egyes páciensek hormonterápiát vagy nemi átalakító műtétet kívánnak, mások nem. A transznemű és endokrinológiai szervezetek azt javasolják, hogy legalább 16 éves korig várjanak a hormonkezelés megkezdésével, de mérlegelni kell, hogy mi a legjobb az egyén számára. A pubertás akár több évig tartó elfojtására szolgáló hormonkezelést néha azért alkalmazzák, hogy a betegnek legyen ideje eldönteni, hogy megműtteti-e magát; mivel ez megállítja a másodlagos nemi jellegzetességek – a mellfejlődés vagy a hang elmélyülése és az arcszőrzet növekedése – kialakulását, megelőzi azt a további feszültséget is, amit a beteg teste okoz, ha nem a megerősített nemének megfelelő módon viselkedik.