Jan van Helmont történelmi témák, zsánerjelenetek és portrék festője volt. Számos portrét festett korának kiemelkedő személyiségeiről, köztük Johannes Jacobus Moretusról és feleségéről, Theresia Mechtildis Schildersről (1717, Plantin-Moretus Múzeum), az antwerpeni Plantin Moretus nyomda akkori tulajdonosairól. Az antwerpeni városi hatóságoktól rendszeresen kapott megbízást történelmi személyiségek, például Alexander Farnese, Párma hercege portréinak megfestésére, valamint az antwerpeni városháza dísztermében lévő 34 uralkodó portréjának restaurálására.
Van Helmont néhány portréfestményét később Jacob Houbraken holland metsző metszette. Ilyen például Adriaan van Borssele van der Hooge portréja, amelyet Houbraken metszett Aart Schouman Jan van Helmont festménye után készített rajza után. Jan van Helmont terveket készített Gaspar Bouttats antwerpeni metszőművész metszeteihez. Ilyen például az angyalokkal szegélyezett ovális címer (1674 körül British Museum), amely Bouttats metszete van Helmont rajza után, amely egy Isabelle de Berchem nemes hölgynek szánt emléktábláról készült.
Jan van Helmont Flandria-szerte, többek között Aalstban, Willebroekben és Wambeekben templomok számára készített vallási témájú történelmi festményeket.
A bécsi Hadtörténeti Múzeum gyűjteményében található egy Jan van Helmont által készített “őrszobai jelenet”. Az őrszobai jelenet jellemzően olyan jelenetet ábrázol, amelyben tisztek és katonák vidáman mulatoznak. Az őrszobai jeleneteken gyakran szerepeltek zsoldosok és prostituáltak, akik zsákmányt osztottak, foglyokat zaklattak vagy más elítélendő tevékenységet folytattak. A műfaj a 17. század közepén vált népszerűvé, különösen a Holland Köztársaságban. Flandriában is volt néhány művelője a műfajnak, köztük David Teniers az ifjabb, Abraham Teniers, Anton Goubau, Cornelis Mahu, Jan Baptist Tijssens az ifjabb és Jan van Helmont apja, Mattheus. Van Helmont kompozíciója katonákat ábrázol egy kapu előtt. A bal oldalon egy katona zászlót tart egy ágyú, egy halom fegyver, páncél és dob fölé. A képen ábrázolt páncélzat a festés idején már elavult volt, mivel a fémpáncélok, mellvédek és sisakok az 1620-as évektől kezdve kiestek a használatból. Lehetséges, hogy a műfaj moralizáló szándékával összhangban a páncélzat a hatalom és a hírnév mulandóságának vanitas-motívumára utal.