Rudolf eleinte Bécsben nőtt fel, egyre növekvő testvérhordával körülvéve. Majd 1563-ban, tizenegy éves korában nagybátyjához, II. Fülöp királyhoz került a spanyol udvarba. Spanyolország abban az időben világhatalom volt, és a spanyol udvar megadta az alaphangot életmód és kultúra kérdéseiben. A hátsó szándék azonban az volt, hogy az ifjú főherceget kivonják apja befolyása alól, aki vallási kérdésekben rendkívül toleráns nézeteiről volt ismert. Rudolfnak a katolikus ortodoxia környezetében kellett nevelkednie, védve a Közép-Európában egyre nagyobb teret hódító protestáns áramlatoktól. Az ifjú főherceg a Szent Római Birodalom leendő legfőbb uralkodója lett volna, és Spanyolország, a dinasztia fő vonala szemében elengedhetetlen volt, hogy a katolicizmus zászlaja alatt álló egyetemes Habsburg-hatalom elképzelésének megfelelően neveljék és oktassák, ami a dinasztia küldetése volt V. Károly uralkodása óta.
Az ilyen irányú nevelés után Rudolf a dinasztia magabiztos hercegeként tért vissza Közép-Európába. Spanyol neveltetése révén kapcsolatba került a hagyományos mediterrán katolicizmussal, amelyet nem érintettek a reformáció eszméi. Gondolkodásában azonban a vallás politikai összetevője állt előtérben, mivel a katolicizmust elsősorban az uralkodói hatalom alátámasztásának eszközeként értelmezte. Egyénként nem különösebben túlzott vallásosságáról volt nevezetes. 1572-ben az országgyűlések megválasztották apja utódjának a magyar trónon, 1575-ben pedig elismerték Csehország királyának. Ugyanebben az évben Rudolfot a regensburgi választófejedelmek megerősítették apja utódjaként a birodalomban. Alig néhány hónappal később, 1576-ban Maximilian II. váratlanul meghalt. Huszonnégy éves korában Rudolf már olyan uralkodó volt, aki a szélsőségek közötti közvetítő szerepét látta magában, mind a birodalomban, mind pedig a hódoltsági uradalmakban. 1583-ban a császári udvart Bécsből Prágába költöztették, amelyet most pompás rezidenciává bővítettek. A fiatal császárt rendkívül műveltnek, tehetségesnek és ígéretesnek tartották, ugyanakkor teljes mértékben átitatódott a császári méltóság fogalmával, ami a spanyol udvarban való szocializációjának legvilágosabb megnyilvánulása. Uralkodásának első évtizedeiben Rudolf ügyesen folytatta uralkodói jogainak szisztematikus kiterjesztését.
Viszont hamarosan megmutatkoztak jellemének sötét oldalai. A császár időnként következetlen volt, és hiányzott a döntéseihez szükséges meggyőződés. A mániákus aktivitás fázisait a teljes apátia időszakai követték.