1829-ben a washingtoni társadalomban elkezdtek pletykálni Peggy Eaton, John Henry Eaton hadügyminiszter új felesége körül. A pletykák azt állították, hogy a pár kapcsolata házasságon kívüli viszonyként kezdődött, és hogy Peggy első férje öngyilkos lett, amikor tudomást szerzett a kapcsolatukról. Az orvosszakértők megállapították, hogy tüdőgyulladásban halt meg, de a pletykák továbbra is fennmaradtak.
A növekvő botrány, amely hamarosan a Petticoat-ügy becenevet kapta, kezdte megosztani Jackson kabinetjét. Jackson kabinetjének több tagjának felesége, leginkább Floride Calhoun, John C. Calhoun alelnök felesége, nem volt hajlandó Peggyt a washingtoni társaságba fogadni, és a házaspárt brüsszelezték.
Jackson elnök indokolatlannak és igazságtalannak tartotta a Peggy Eatonnal szembeni bánásmódot. Összehasonlítást vont saját néhai feleségével való bánásmódjával is. Jacksonék tudta nélkül Rachel még mindig jogilag az első férjével volt házas, amikor hozzáment Andrew Jacksonhoz, mivel a férfi válópereket indított Rachel ellen, de a kereset nem zárult le. Ezt a tényt John Quincy Adams támogatói fedezték fel az 1828-as választások során. Kíméletlenül támadták Rachelt, mint házasságtörőt és bigámistát. Bár Rachel 1825 óta szenvedett egészségkárosodástól, Jackson az 1828 decemberében bekövetkezett halálát a kampány okozta stresszre fogta. Jackson úgy vélte, hogy a washingtoni társadalom ugyanúgy igazságtalanul bánik Peggyvel, mint néhai feleségével.
Jackson nyomást kezdett gyakorolni a beosztottjaira, hogy fogadják el a házaspárt. Emily annak a csoportnak az oldalára állt, amelyik ki akarta brusztolni Eatonékat. Amikor Jackson szembesítette Emilyt, az némileg engedett, és bevonta Peggyt a Fehér Házi rendezvényekre, de Emily csak az alapvető udvariasságot terjesztette ki rá, semmi többet. A helyzet akkor csúcsosodott ki, amikor Eatonék visszautasították Jackson meghívását egy Fehér Házi vacsorára 1830 elején. Amikor Jackson megkérdezte, miért utasították vissza a meghívást, Peggy Emily rideg bánásmódjára hivatkozott.
Emily és Andrew Jackson 1830 nyarán a Hermitage-ba utazott nyaralni. Ekkorra már olyannyira elmérgesedett a szakadék az elnök és Emily között, hogy Emily nem volt hajlandó az Ermitázsban maradni, helyette inkább az anyja házát választotta. Amikor Jackson visszatért Washingtonba, Andrew Jackson Donelson elkísérte őt, Emily azonban nem. Jackson megkérte Emilyt, hogy jöjjön vissza, és folytassa a munkáját. Ő azonban mindaddig nem volt hajlandó erre, amíg Jackson továbbra is ragaszkodott Peggy Eaton elfogadásához a Fehér Házban.
1834-től kezdve Sarah Yorke Jackson, Jackson elnök menye, a Fehér Ház háziasszonya volt. Ellentmondásos beszámolók vannak arról, hogy Emily Donelson nem tartózkodott a Fehér Házban abban a három évben, amikor Sarah Yorke Jackson volt a háziasszony. A tudósok egy csoportja úgy véli, hogy az ok Peggy Eaton kezelésében keresendő, míg mások szerint az egyre súlyosbodó tuberkulózisa volt.