1999. december 31-én az Egyesült Államok a Torrijos-Carter szerződésekkel összhangban hivatalosan is átadja a Panama-csatorna feletti ellenőrzést, így a stratégiai fontosságú vízi útvonal először került panamai kézbe. Panamaiak tömegei ünnepelték az Atlanti- és a Csendes-óceánt összekötő 50 mérföld hosszú csatorna átadását, amelyet hivatalosan akkor nyitottak meg, amikor az SS Arcon 1914. augusztus 15-én áthajózott rajta. Azóta több mint egymillió hajó használta a csatornát.
OLVASSA TOVÁBB: A Panama-csatornáról szóló 7 lenyűgöző tény
Az Atlanti-óceán és a Csendes-óceán közötti rövidebb út megtalálása iránti érdeklődés az 1500-as évek elején Közép-Amerika felfedezőitől eredt. 1523-ban V. Károly szent római császár megrendelte a Panamai földszoros felmérését, és több terv is készült egy csatornára, de egyik sem valósult meg. Az Egyesült Államok érdeklődését a csatornaépítés iránt az amerikai nyugati terjeszkedés és az 1848-as kaliforniai aranyláz keltette fel. (Ma egy New Yorkból San Franciscóba tartó hajó mintegy 7800 mérföldet spórolhat meg, ha a Panama-csatornán keresztül megy, ahelyett, hogy Dél-Amerika körül hajózna.)
1880-ban egy francia vállalat, amelyet a Szuezi-csatorna építője vezetett, elkezdte a Panama-öböl (akkor Kolumbia része) átívelő csatorna kiásását. Az építkezés e korai szakaszában több mint 22 000 munkás halt meg trópusi betegségekben, például sárgalázban, és a vállalat végül csődbe ment, és 1902-ben 40 millió dollárért eladta a projekt jogait az Egyesült Államoknak. Theodore Roosevelt elnök támogatta a csatornát, mivel fontosnak tartotta azt Amerika gazdasági és katonai érdekei szempontjából. 1903-ban Panama az Egyesült Államok által támogatott forradalomban kikiáltotta függetlenségét Kolumbiától, és az Egyesült Államok és Panama aláírta a Hay-Bunau-Varilla szerződést, amelyben az Egyesült Államok vállalta, hogy 10 millió dollárt fizet Panamának a csatornához szükséges földterület örökös bérletéért, valamint évi 250 000 dollár bérleti díjat.
1904 és 1913 között több mint 56 000 ember dolgozott a csatornán, és több mint 5600-an vesztették életüket. Amikor elkészült, a csatorna, amelynek megépítése 375 millió dollárjába került az Egyesült Államoknak, nagy mérnöki csodának számított, és Amerika világhatalommá válását jelképezte.
1977-ben, a közel 20 éve tartó panamai tiltakozásra reagálva Jimmy Carter amerikai elnök és Omar Torrijos panamai tábornok két új szerződést írt alá, amelyek az eredeti 1903-as megállapodás helyébe léptek, és a csatorna ellenőrzésének 1999-ben történő átadására szólítottak fel. Az amerikai szenátus által szűk körben ratifikált szerződés folyamatos jogot adott Amerikának arra, hogy megvédje a csatornát a semlegességét fenyegető fenyegetésekkel szemben. 2006 októberében a panamai választók jóváhagytak egy 5,25 milliárd dolláros tervet a csatorna méretének megduplázására 2015-ig, hogy jobban befogadja a modern hajókat.
A hajók a csatorna használatáért útdíjat fizetnek, amely az egyes hajók méretétől és a rakomány mennyiségétől függ. 2006 májusában a Maersk Dellys rekordösszegű útdíjat, 249 165 dollárt fizetett. Az eddigi legkisebb díjat – 36 centet – Richard Halliburton fizette, aki 1928-ban átúszta a csatornát.