Míg a Nemata törzs szaporodási szerkezete igen változatos, számos jellegzetesség jellemző a törzsre. A hím fonálférgek általában kisebbek, mint nőstény társaik.A hímek alapvető szaporodási struktúrái a következők: egy here, egy ondóhólyag és egy kloákába nyíló ondóvezeték. Egy here a leggyakoribb, de egyes fajoknál két here is megtalálható, míg másoknál az egyik herét csökkentik.A spermatogoniumok a herében termelődnek, és az ondóhólyagban tárolódnak, amíg a fonálférgek nem párosodnak. Ezt H. Hirschmann rajzai illusztrálják, in Plant Parasitic NematodesVol. I, 1971, Academic Press pg. 52-53. Egy vagy két kopulátortüske jelenléte segíti a vulva dializálását, és csatornaként is szolgálhat a spermiumok számára.A tüskék keményített kutikulából készülnek, és a csúcsuk közelében érzékszervi dendritekben végződnek. Gyakran a kloákát körülvevő testfal aburzává módosul, ami segít a hímnematóda tájékozódásában, majd segít a kétnematóda összetartásában.
A spermatozoák amőboidok, és sokfélemódosulással rendelkezhetnek. Egyes spermiumok kerek vagy tojásdad alakúak, míg mások a zászlós spermiumokra hasonlítanak. A spermatozoák különböző típusai a fonálférgek különböző rendszertani csoportjait jellemzik.
A nőstények alapvető felépítései: egy vagy két petefészek, ondóedények,uteri, ovijector és egy vuvla. A petefészek oogóniákat termel, amelyek később oocitákká fejlődnek. Az ondóedények, amelyek néha spermatheceává fejlődnek, tárolják a spermiumokat, amíg azok egy petesejt megtermékenyítéséhez szükségesek. A megtermékenyített petesejt ezután petesejtté fejlődik a méhben. A méh gyakran petefészekbe végződik. Az ovijector nagyon izmos, és a test mozgását a fonálféreg magas belső testnyomásával kombinálva arra használja, hogy a petesejtet a hüvelyen keresztül kilökje. Minden fonálféreg tojást rak. A legtöbb fonálféregnél gyakori a szingámia, vagyis a keresztbe termékenyítés. Előfordul hermafroditizmus is, amikor a fonálférgek először spermiumokat termelnek, és azokat a peték termelődéséig tárolják. A parthenogenezis szintén normális szaporodási mód a szoménférgeknél.