Extracelluláris struktúrák
Néhány prokariótának van egy extra rétege, az úgynevezett kapszula, a sejtfalon kívül. A kapszulavédi a sejtet a vegyi anyagoktól és a kiszáradástól. Azt is lehetővé teszi, hogy a sejt a felületekhez és más sejtekhez tapadjon. Emiatt sok prokarióta képes biofilmek kialakítására, mint amilyen az alábbi ábrán látható. A biofilm prokarióták kolóniája, amely egy felületre, például egy kőre vagy a gazdaszervezet szöveteire tapad. A fogmosás között a fogainkon összegyűlő ragacsos lepedék is egy biofilm. Ez baktériumok millióiból áll.
A legtöbb prokariótának hosszú, vékony fehérjeszerkezete is van, amelyet flagellának (egyes számban flagellum) neveznek. Ezek a plazmamembránból nyúlnak ki. A flagellák segítik a prokarióták mozgását. Egy rögzített alap körül forognak, így a sejt gurulni és bukfencezni kezd. Ahogy az alábbi ábrán látható, a prokariótáknak egy vagy több flagellájuk is lehet.
Bakteriális biofilm. Az itt látható, erősen kinagyított biofilmet egy beteg testéből eltávolított orvosi katéteren (csövön) találták.
Variációk a baktériumok flagelláiban. A prokarióták flagellái elhelyezkedhetnek a sejt egyik vagy mindkét végén, vagy körülötte. Segítenek a prokariótáknak a táplálék felé vagy a méreganyagoktól való távolodásban.