Kun molemmat osapuolet vetäytyivät (ja Kroatian itsenäisyys tunnustettiin), samanlainen dynamiikka alkoi kehittyä Bosnia ja Hertsegovinassa. Kyseinen tasavalta seurasi Kroatian ja Slovenian esimerkkiä julistautumalla itsenäiseksi maaliskuussa 1992, vaikka serbijohtajat olivat siinä vaiheessa jo julistautuneet itsenäisiksi muusta tasavallasta. Sitä seurannut konflikti koski voimakkaimmin siviiliväestöä Bosnian itä- ja länsiosissa, joissa serbijoukot taistelivat mitätöidäkseen bosnialaisen itsenäisyyden ja, jos se ei onnistunut, hävittääkseen bosniakkiväestön näiltä alueilta. Kansainvälinen vastaus tähän kampanjaan oli luoda ”turvallisia alueita”, joilla bosniakkisiviilejä oli tarkoitus suojella serbijoukoilta. Puolisotilaalliset joukot kuitenkin hyökkäsivät turvallisia alueita vastaan. Tunnetuin tapaus oli se, että serbialainen miliisi valtasi Srebenican kaupungin turvallisen alueen, minkä vuoksi enimmäkseen bosniakista koostuva siviiliväestö hakeutui turvaan läheiseen Yhdistyneiden Kansakuntien tukikohtaan. Siellä miliisijohtaja Ratko Mladicin johtamat joukot saivat kuitenkin YK:n joukot vakuuttuneiksi siitä, että ne voivat erottaa miehet naisista ja lapsista. Jälkimmäiset karkotettiin bosniakkijoukkojen hallitsemalle alueelle. Ensin mainitut, joita oli yli 7 000, teurastettiin. Sekä Jugoslavian kansainvälisen rikostuomioistuimen että Kansainvälisen tuomioistuimen myöhemmässä oikeuskäytännössä todettiin, että joukkomurha oli kansanmurha.
Myöhemmin jäljellä olevat Jugoslavian tasavallat Makedonia ja Montenegro sekä entinen autonominen Kosovon maakunta erosivat. Kussakin tapauksessa siviileihin kohdistui väkivaltaa, joka oli määritelty identiteettiperusteisesti, voimakkaimmin Kosovossa. Vuonna 1999 monenväliset joukot toteuttivat kymmenen viikkoa kestäneen pommituskampanjan serbialaisia joukkoja vastaan, joiden länsimaiset johtajat pelkäsivät aloittavansa uuden etnisen puhdistuskampanjan Kosovossa vastauksena Kosovon itsenäistymispyrkimyksiin.
Vähemmistönmurhien tutkimusohjelmassa on järjestetty lukuisia seminaareja, jotka liittyvät Balkanin alueen tapahtumiin. Jasmina Besirevic-Regan, luennoitsija ja Yalen Trumbull Collegen dekaani, kuuluu GSP:n neuvonantajaneuvostoon.