Siemen on nimitys, joka annetaan tiettyjen kasvien hedelmien sisällä oleville siemenille, jotka voivat itää ja synnyttää saman lajin kasvin, jos niistä huolehditaan ja ne sijoitetaan mahdollisimman suotuisaan ympäristöön. Samoin tämä termi viittaa niihin asioihin, joita pidetään toisten alkuperänä tai alkuna, eräänlaisena juurena, erityisesti kun puhutaan tunteista tai aineettomista esineistä. Usein tätä sanaa käytetään siementen synonyyminä. Uskonnossa, tarkemmin sanottuna kristillisessä uskonnossa, perustan käsite on sovitettu kontekstiin, jossa pyritään selvittämään hyvän ja pahan alkuperää.
Siemenet, kasvitieteellisellä alalla, sisältyvät siemeniin. Tavallisesti ne löytyvät syvältä hedelmän sisältä, jolle ne ovat antaneet elämän; esimerkkejä ovat mandariinit, appelsiinit, avokadot ja persikat. Ne voivat itää, kun niitä säilytetään kompostissa ja niille tarjotaan jatkuva vedenlähde. Ajan kuluessa siitä kehittyy saman lajin kasvi, joka tuottaa sen hedelmän, josta se on peräisin.
Kristillisessä uskonnossa esiintyvä käsite löytyy Vanhasta testamentista, Genesiksen kirjasta. Tässä yhteydessä mainitaan kaksi siementä: nainen, joka on elämän ja itse Messiaan (ja näin ollen hyvän) alkulähde, ja käärme, joka on pahan ja ihmistä koettelevien onnettomuuksien juuri. Tällaista metaforaa käytettiin, jotta ihmiskunta tulisi tietoiseksi elämän alkuperästä perinteisestä kristillisestä näkökulmasta, sekä tekemään jyrkkä ero hyvän ja pahan välille läsnäolona, joka on kaikkialla.