Mediaimperiumi
Uuden vuosisadan kynnyksellä Murdoch jatkoi News Corpin omistusten laajentamista hallitakseen yhä useampia tiedotusvälineitä, joita ihmiset katsovat päivittäin. Vuonna 2005 hän osti Intermix Median, suositun sosiaalisen verkostoitumissivuston MySpace.comin omistajan. Kaksi vuotta myöhemmin, vuonna 2007, pitkäaikainen sanomalehtimoguli nousi itse otsikoihin ostamalla Wall Street Journalin omistavan Dow Jonesin.
Murdoch on saanut osakseen laajaa kritiikkiä siitä, että hän on monopolisoinut määräysvallan kansainvälisissä tiedotusvälineissä sekä konservatiivisista poliittisista näkemyksistään, jotka heijastuvat usein Murdochin hallitsemien tiedotusvälineiden, kuten Fox Newsin, raportoinnissa. Vuoden 2010 välivaaleissa News Corp lahjoitti miljoona dollaria republikaanien ehdokkaita tukeville republikaanien kuvernöörien yhdistykselle ja Yhdysvaltain kauppakamarille. Kriitikot väittivät, että vaaleja uutisoivien suurten uutislähteiden omistajan ei olisi pitänyt antaa suoraa lahjoitusta kyseisille poliittisille kampanjoille.
Murdochin imperiumi koki kuitenkin merkittävän iskun vuonna 2011. Hänen lontoolainen iltapäivälehtensä The News of the World joutui puhelinhakkerointiskandaaliin. Useita päätoimittajia ja toimittajia asetettiin syytteeseen siitä, että he olivat laittomasti päässeet käsiksi joidenkin Britannian johtohahmojen puheluihin. Rupert itse kutsuttiin todistajaksi samana vuonna, ja hän sulki News of the Worldin. News Corp maksoi myöhemmin vahingonkorvauksia joillekin hakkeroinnin kohteeksi joutuneille henkilöille.
Tästä skandaalista huolimatta News Corp säilyttää merkittävän osuuden lähes kaikista mediamuodoista eri puolilla maailmaa. Murdoch omistaa monia kirjoja ja sanomalehtiä, joita ihmiset lukevat, televisio-ohjelmia ja elokuvia, joita he katsovat, radioasemia, joita he kuuntelevat, verkkosivustoja, joilla he vierailevat, sekä blogeja ja sosiaalisia verkostoja, joita he luovat. Vuonna 2013 hän ilmoitti valtakuntansa merkittävästä uudelleenjärjestelystä. Murdoch päätti jakaa liiketoimintansa kahteen yhtiöön-21st Century Fox Inc. ja News Corp. Tällä siirrolla erotettiin hänen viihdeomistuksensa ja kustannusalan intressit toisistaan. Los Angeles Timesin mukaan Murdoch selitti, että ”Molemmat yhtiöt ovat ainutlaatuisessa asemassa toteuttamaan omia strategisia tavoitteitaan ja johtamaan toimialojaan eteenpäin.”
Vaikka hän ei koskaan osannut kuvitella, millaista valtaa hän jonain päivänä käyttäisi, juuri tällaista vaikutusvaltaa Murdoch tavoitteli nuorena kustantajana, joka rakensi imperiumiaan. ”Aistin jännityksen ja vallan”, hän muistelee. ”En raakaa valtaa, mutta kykyä vaikuttaa ainakin tapahtumien kulkuun.” Kuuden vuosikymmenen jälkeen Murdoch on sanonut, ettei voisi kuvitella elämäänsä toisin. ”Jos olet mediassa, erityisesti sanomalehdissä, olet keskellä kaikkia mielenkiintoisia asioita, joita yhteisössä tapahtuu, enkä voi kuvitella mitään muuta elämää, jolle haluaisi omistautua”, hän sanoi.
Uusi johto ja myynti Disneylle
Kesäkuussa 2015 uutisoitiin, että Murdoch luovuttaisi 21st Century Foxin johdon pojalleen Jamesille. Murdoch pysyisi organisaatiossa johtavana toisena puheenjohtajana ja jakaisi roolin vanhimman poikansa Lachlanin kanssa.
Huhtikuussa 2016 Fox Newsin ja Fox Television Stations Groupin hallituksen puheenjohtaja ja toimitusjohtaja Roger Ailes erosi Fox-tv-juontaja Gretchen Carlsonin nostaman seksuaalista häirintää koskevan kanteen vuoksi. Murdoch ilmoitti ottavansa Ailesin tehtävät väliaikaisesti hoitaakseen.
Kesken 21st Century Foxin rakenneuudistusta yhtiö aloitti neuvottelut Walt Disneyn kanssa kiinteistöjensä myynnistä. Vaikka keskustelujen kerrottiin päättyneen marraskuuhun 2017 mennessä, niiden kerrottiin uudistuneen muutamassa viikossa, ja Fox harkitsi tarjouksia elokuva- ja kaapeliverkoistaan sekä kansainvälisistä yksiköistään.
Joulukuun puolivälissä saatiin aikaan sopimusehdot, joiden mukaan Disney ostaisi suurimman osan 21st Century Foxista noin 52,4 miljardin dollarin arvoisessa all-stock-kaupassa. Murdoch, joka säilytti määräysvallan Fox Newsissa, Fox-lähetysverkossa ja FS1-urheilukaapelikanavassa, sanoi, että hän siirtäisi nämä omaisuuserät uuteen pörssiin listautuvaan yhtiöön.
Helmikuussa 2018 Wiredin kansijuttu paljasti yksityiskohtia Murdochin ja Facebookin toimitusjohtajan Mark Zuckerbergin välisestä jatkuvasta vihanpidosta. Vihanpidon kerrottiin juontavan juurensa ainakin vuoteen 2007, jolloin Murdochin News Corp:n syytettiin yrittäneen sytyttää skandaalin, joka koski seksuaalisten saalistajien esiintymistä Facebookissa. Myöhemmin, vuonna 2016 pidetyssä kokouksessa Murdoch otti Zuckerbergin niskoilleen Facebookin uutissyötteen algoritmin muuttamisesta, mikä antoi sosiaaliselle alustalle vallan vaikuttaa dramaattisesti muiden sivustojen liikenteeseen. News Corpin kerrottiin uhanneen kostaa lobbaamalla ja käynnistämällä Facebookin vastaisen kampanjan monien kanaviensa kautta.
Kun Murdoch odotti yhä hyväksyntää massiiviselle sopimukselleen Disneyn kanssa, hän pyrki kasvattamaan 21st Century Foxin omistusosuutta Isossa-Britanniassa toimivassa Sky News -yhtiössä. Poliitikot ja sääntelyviranomaiset kuitenkin estivät tämän kaupan, koska he olivat huolissaan 21st Century Foxin monopolista Britannian uutismarkkinoilla, vaikka yhtiö vaati Sky Newsin säilyttävän toimituksellisen riippumattomuutensa.