Yhdysvallat luovuttaa 31. joulukuuta 1999 Torrijosin ja Carterin sopimusten mukaisesti virallisesti Panaman kanavan hallinnan, jolloin strategisesti tärkeä vesiväylä siirtyy ensimmäistä kertaa Panaman hallintaan. Panamalaisjoukot juhlivat Atlantin ja Tyynenmeren yhdistävän 50 meripeninkulman pituisen kanavan luovuttamista. Kanava avattiin virallisesti, kun SS Arcon purjehti sen läpi 15. elokuuta 1914. Sen jälkeen kanavaa on käyttänyt yli miljoona laivaa.
LUE LISÄÄ: 7 kiehtovaa faktaa Panaman kanavasta
Kiinnostus löytää oikotie Atlantilta Tyynellemerelle sai alkunsa Keski-Amerikan tutkimusmatkailijoista 1500-luvun alussa. Vuonna 1523 Pyhän Rooman keisari Kaarle V tilasi tutkimuksen Panaman kannaksesta, ja kanavasta laadittiin useita suunnitelmia, mutta yhtäkään niistä ei koskaan toteutettu. Yhdysvaltojen kiinnostus kanavan rakentamiseen heräsi Amerikan lännen laajenemisen ja Kalifornian kultakuumeen myötä vuonna 1848. (Nykyään New Yorkista San Franciscoon matkalla oleva laiva voi säästää noin 7 800 meripeninkulmaa kulkemalla Panaman kanavaa pitkin sen sijaan, että se purjehtisi Etelä-Amerikan ympäri.)
Vuonna 1880 ranskalainen yhtiö, jota johti Suezin kanavan rakentaja, aloitti kanavan kaivamisen Panaman kannaksen (joka oli tuolloin osa Kolumbiaa) poikki. Yli 22 000 työläistä kuoli trooppisiin tauteihin, kuten keltakuumeeseen, tämän rakentamisen alkuvaiheen aikana, ja yhtiö meni lopulta konkurssiin ja myi hankeoikeutensa Yhdysvalloille vuonna 1902 40 miljoonalla dollarilla. Presidentti Theodore Roosevelt puolusti kanavaa ja piti sitä tärkeänä Amerikan taloudellisten ja sotilaallisten etujen kannalta. Vuonna 1903 Panama julisti itsenäisyytensä Kolumbiasta Yhdysvaltojen tukemassa vallankumouksessa, ja Yhdysvallat ja Panama allekirjoittivat Hay-Bunau-Varilla-sopimuksen, jossa Yhdysvallat sitoutui maksamaan Panamalle 10 miljoonaa dollaria kanavaa varten tarvittavan maa-alueen ikuisesta vuokrasopimuksesta ja lisäksi 250 000 dollarin vuotuisen vuokran.
Kanavan parissa työskenteli vuosien 1904 ja 1913 välisenä aikana yli 56 000 ihmistä, ja yli 5 600 menetti henkensä. Valmistuttuaan kanavaa, jonka rakentaminen maksoi Yhdysvalloille 375 miljoonaa dollaria, pidettiin suurena insinööritaidon ihmeenä ja se edusti Amerikan nousua maailmanvallaksi.
Vuonna 1977 Yhdysvaltain presidentti Jimmy Carter ja Panaman kenraali Omar Torrijos allekirjoittivat kaksi uutta sopimusta, jotka korvasivat alkuperäisen, vuonna 1903 tehdyn sopimuksen ja edellyttivät kanavan hallinnan siirtämistä vuonna 1999. Sopimus, jonka Yhdysvaltain senaatti ratifioi niukasti, antoi Yhdysvalloille jatkuvan oikeuden puolustaa kanavaa kaikkia sen puolueettomuuteen kohdistuvia uhkia vastaan. Lokakuussa 2006 panamalaiset äänestäjät hyväksyivät 5,25 miljardin dollarin suunnitelman kanavan koon kaksinkertaistamiseksi vuoteen 2015 mennessä, jotta se mahtuisi paremmin nykyaikaisiin laivoihin.
Laivat maksavat kanavan käytöstä tiemaksuja, jotka määräytyvät kunkin aluksen koon ja lastin määrän mukaan. Toukokuussa 2006 Maersk Dellys maksoi ennätyksellisen 249 165 dollarin tiemaksun. Kaikkien aikojen pienimmän tiemaksun – 36 senttiä – maksoi Richard Halliburton, joka ui kanavan läpi vuonna 1928.