Sukupuolidysforian hoidossa keskitytään lievittämään potilaan sukupuoli-identiteettiin liittyvää ahdistusta. Se tarkoittaa usein psykoterapiaa – ja erityisesti dialektista käyttäytymisterapiaa – jossa terapeutti validoi heidän tunteensa ja auttaa heitä kehittämään tehokkaita selviytymistaitoja, jotta he voivat välttää esimerkiksi itsensä vahingoittamista ja itsetuhoisuutta. Jos ahdistus on johtanut masennukseen tai ahdistukseen, niitä voidaan hoitaa terapialla tai lääkityksellä. Terapeutit työskentelevät myös sukupuolidysforiapotilaiden ja heidän perheidensä kanssa auttaakseen heitä määrittelemään parhaan tavan muokata sukupuolen ilmaisua terveellisimmän lopputuloksen saavuttamiseksi.
Jotkut potilaat haluavat hormonihoitoa tai sukupuolenkorjausleikkausta, toiset eivät. Transsukupuolisten ja endokrinologian alan järjestöt suosittelevat hormonihoidon aloittamista vähintään 16-vuotiaaksi, mutta on harkittava, mikä on yksilön kannalta parasta. Hormonihoitoa murrosiän estämiseksi jopa useiden vuosien ajan käytetään joskus antamaan potilaalle aikaa päättää, tekeekö hän leikkauksen; koska se pysäyttää toissijaisten sukupuoliominaisuuksien kehittymisen – rintojen kehittymisen tai äänen syvenemisen ja kasvokarvojen kasvun – se estää myös ylimääräisen ahdingon, joka aiheutuu siitä, että potilaan keho käyttäytyy tavalla, joka ei vastaa hänen vahvistamaansa sukupuolta.