Samuel Langhorn Clemens on Mark Twainin oikea nimi, kirjallisuuden ikoni, joka otti navigointitermin kirjoitusnimekseen. Useammin kuin kerran häneen on viitattu nimellä Mark Twain Clemens tai Mark Twain Samuel Langhorne Clemens. Oli miten oli, Samuel Clemens katosi Mark Twainin elämässä, sillä juuri tämä kirjailijanimi seurasi häntä siitä päivästä lähtien, kun hän otti sen käyttöönsä, aina kuolemaansa saakka vuonna 1910.
Nimen ”Mark Twain” alkuperä juontaa juurensa merenkulkutermistä ”mark twain”, joka tarkoittaa kahta syltä, vesisyvyyden mittausta, joka ilmaisee, että vene voi liikkua turvallisesti eteenpäin. Samuel Clemens käytti Mark Twain -nimeä ensimmäisen kerran vuonna 1863, kun hän kirjoitti artikkelin Virginia Cityn sanomalehteen Territorial Enterprise.
Vaikka Clemensin tarkkaa tapaa, jolla hän sai nimen Mark Twain, ei ole koskaan varmistettu, Twain väittää kirjassaan Life on the Mississippi, että hän otti (varasti) sen kapteeni Isaiah Sellersiltä. Twain kehui kapteeniaan ”hienoksi ja korkeamieliseksi mieheksi, jota arvostettiin suuresti sekä maissa että joella”, mutta hän kritisoi Sellersin tapaa kirjoittaa usein elämästä suurella joella. Hänen lainauksensa kuuluu:
Vanha herrasmies ei ollut kirjallisuudentuntuinen eikä kyvykäs, mutta hänellä oli tapana kirjoittaa lyhyitä kappaleita, jotka sisälsivät pelkkiä käytännöllisiä tietoja joesta, ja allekirjoittaa ne ”MARK TWAIN” ja antaa ne ”New Orleans Picayune” -lehdelle. Ne liittyivät joen vaiheeseen ja tilaan ja olivat tarkkoja ja arvokkaita, eivätkä ne toistaiseksi sisältäneet myrkkyä.
ja tämä:
Näissä ikivanhoissa välihuomautuksissa piili myrkkyä ja katkeruutta muille vanhoille luotseille, ja heillä oli tapana pilkata ”Mark Twainin” pykäliä säälimättömällä pilkalla.
Clemens sanoo parodioineensa erästä sellaista vanhan kapteenin selostusta: ”Laajasti ottaen, hyvin laajasti ottaen, jäntevöittäen upeani kahdeksansataa tai tuhatta sanaa pitkälle,” jonka hän väitetysti oli julkaissut eräässä toisessa lehdessä. Clemens sanoo, että julkaistulla artikkelilla oli vaikutusta: ”Kapteeni Sellers teki minulle sen kunnian, että hän inhosi minua syvästi siitä päivästä lähtien”, ja ”Sellers luopui sanomalehtiartikkelistaan. Vaikka Clemensin artikkelin aitous on varmistettu ja se on julkaistu New Orleansin Daily Crescent -lehdessä 17. toukokuuta 1859, ei ole koskaan vahvistettu, että kapteeni Isaiah Sellers olisi koskaan kirjoittanut artikkeleita mihinkään julkaisuun MARK TWAIN -nimellä.
Kuultuaan Sellerin kuolemasta Samuel Clemens otti virallisesti kirjailijanimekseen Mark Twainin kirjoittaen:
Hetkellä, jolloin lennätin toi uutisen hänen kuolemastaan, olin Tyynenmeren rannikolla. Olin tuore uusi toimittaja ja tarvitsin nimimerkin; niinpä takavarikoin vanhan merimiehen hylkäämän nimimerkin ja olen tehnyt parhaani, jotta se pysyisi sellaisena kuin se oli hänen käsissään – merkkinä, symbolina ja takuuna siitä, että kaikki, mitä sen seurasta löytyy, voidaan veikata kivettyneeksi totuudeksi; kuinka olen onnistunut, ei olisi vaatimatonta sanoa.
Toinen, vahvistamaton ja mahdollisesti väärä, Samuel Clemensin nimen Mark Twain alkuperä viittaa aikaan Nevadan territoriossa joskus 1860-luvulla. Tämän teorian mukaan Clemens tuli usein saluunaan ja tilasi kaksi drinkkiä kerralla ja laittoi ne luottolaskulle. Hänen tilauksensa sanottiin seuraavasti: ”Merkitse minulle kaksi.”