Kilju voidaan valmistaa fermentoimalla sokeria, hiivaa ja vettä, mutta pelkästään sokerista, hiivasta ja vedestä valmistettu kilju oli Suomessa laitonta ennen maaliskuuta 2018, joten fermentoinnissa käytettiin viljaa, perunaa, hedelmiä tai marjoja juridisten ongelmien välttämiseksi ja juoman maustamiseksi. Appelsiinit ja sitruunat ovat suosittu valinta tähän tarkoitukseen.
Prosessi on samankaltainen kuin viinin kotioluen valmistuksessa; se vaatii tiukkaa hygieniaa ja tuotteen suodattamista. Oikein valmistettu kilju on kirkas, väritön neste, jossa ei ole havaittavissa muuta makua kuin etanolin maku. Se voidaan jalostaa tislaamalla pontikaksi (suomalaiseksi kuutamoksi). Tällöin se muistuttaa rommia, sillä molemmat tislataan käyneistä ruokosokerituotteista, vaikka rommi valmistetaankin usein melassista, joka on sokerinpuhdistusprosessin sivutuote, tai tuoreesta sokeriruokomehusta puhdistetun, kiteytetyn pöytäsokerin sijasta.
Kiljua valmistavat usein väärin kotipanimestarit, jotka sallivat epäpuhtauksien häiritä käymistä tai jotka eivät suodata tai tislaa nestettä riittävästi tai eivät käytä hienonnusainetta. Jälkimmäiset virheet johtavat hiivan suspendoitumiseen, jolloin seos on sameaa eikä kirkasta. Hiiva ei ole haitallista, mutta se voi aiheuttaa epämiellyttävän maun.
Kun kotipanimoinnin suosio kasvoi 1990-luvun alun Suomen pankkikriisiä seuranneen talouslaman aikana, markkinoille tuotiin ”turbohiivaksi” kutsuttuja hiivakantoja. Nämä hiivakannat mahdollistavat erittäin nopean käymisen täyteen vahvuuteen, joissakin tapauksissa jopa kolmessa päivässä (verrattuna useisiin viikkoihin, joita perinteiset viinihiivakannat vaativat). Näin lyhyt tuotantoaika ei luonnollisestikaan salli hiivan sakkautumista. Turbohiivan käyttöönotto vahvisti yleisön käsitystä kiljuista helppona tapana hankkia halpaa alkoholia.