Honduras on Keski-Amerikan toiseksi suurin maa. Se rajoittuu pohjoisessa Guatemalaan, lännessä El Salvadoriin ja etelässä Nicaraguaan. Sen rajat on määritelty vesialueilla. Karibianmeri ulottuu Hondurasin koko rannikon poikki, ja Hondurasia reunustavat Rio Montagua ja Rio Coco. Näillä vesillä on myös useita Hondurasin alueeseen kuuluvia pieniä ja suuria saaria.
Kauniit vuoret ovat Hondurasin sisämaan tunnusmerkki. Ne muodostavat yli 80 % maan maa-alasta. Läntiset vuoret ovat henkeäsalpaavia, ja korkeimmat huiput kohoavat lähes 9000 metriin. Hondurasin vuoristoja halkoo pohjoisesta etelään kulkeva pitkä painanne, joka muodostaa maan sisäosan ainoan alankoalueen.
Hondurasin pohjoisrannikko koostuu jokilaaksoista ja matalista rannikkotasangoista. Guatemalan rajan läheisyydessä oleva rannikko on voimakkaasti kehittynyt; itäiset rannat ovat ehdottomasti viihtyisämpiä matkailijoille, jotka etsivät pientä syrjäisyyttä pienalusristeilyllään Hondurasiin. Hondurasilla on kuitenkin hyvin lyhyt Tyynenmeren rannikko, joka on jokseenkin soinen ja täynnä mangroveja.