Eteläisen Tyynenmeren tärkein virta on Humboldt-virta (nimetty saksalaisen luonnontieteilijän Alexander von Humboldtin mukaan, joka löysi ja tutki sitä), joka tunnetaan myös nimellä Perun virtaus, ja se kulkee Etelä-Amerikan rannikkoa pitkin Valdíviasta (kaupunki eteläisessä Chilessä) Cape Brancoon asti kohti pohjoista. Sitä pitävät yllä etelästä ja kaakosta jatkuvasti puhaltavat tuulet, jotka puhaltavat Etelä-Amerikan rannikolla aiheuttaen eron meriveden korkeudessa. Virtauksen tärkein ominaisuus on sen alhainen lämpötila, joka on 15-19 ºC, mikä johtuu merenpohjasta nousevasta kylmästä vedestä. Virtauksen suolapitoisuus on myös alhainen, ja sen vihreä väri erottuu ympäröivän veden sinisestä väristä. Virtauksella on suuri vaikutus Pohjois-Chilen ja Etelä-Perun säähän, sillä virran alhainen lämpötila vähentää sademääriä näillä alueilla, mikä tekee niistä kuivia. Joskus kesällä Humboldt-virta katkeaa pohjoisessa juoksuhaudassaan etelään suuntautuvaan virtaukseen, joka seuraa Perun rannikkoa 15º eteläiselle leveysasteelle asti. Tätä virtausta kutsutaan El Niñoksi, ja se saa rannikon kylmät vedet katoamaan väliaikaisesti, mikä aiheuttaa voimakkaita sateita Perussa. Lähellä päiväntasaajaa Humboldtin virtauksen vedet harhailevat länteen ja sekoittuvat eteläisen päiväntasaajan virtauksen vesiin, jotka kulkevat Tyynenmeren läpi Aasiaan asti. Tuon lämpimän virtauksen haara suuntautuu etelään ja kulkee lähellä itäisen Australian rannikkoa (jossa siitä tulee Australian virtaus) ja sekoittuu eteläisellä Tyynellämerellä kylmään Antarktiksen virtaukseen.