Katso vasta-aiheet. Vältä samanaikaista vorikonatsolia; tarvittaessa seurattava tarkoin erityisesti silloin, kun sitä annetaan 24 tunnin kuluessa flukonatsolin jälkeen. Varovaisuutta amiodaronin (erit. suurten flukonatsoliannosten kanssa), muiden CYP2C9:n ja CYP3A4:n metaboloimien lääkkeiden kanssa, joilla on kapea terapeuttinen ikkuna. Tehostaa varfariinia, sulfonyyliureoita, oraalista midatsolaamia, teofylliiniä, tofacitinibia, tolvaptaania, triatsolaamia, alfentaniilia, amitriptyliiniä, nortriptyliiniä, sakinaviiria, sirolimuusia, karbamatsepiiniä, tulehduskipulääkkeitä, tsidovudiinia; säädä annosta tarpeen mukaan. Saattaa suurentaa fenytoiinin, halofantriinin, ibrutinibin, metadonin, rifabutiinin, takrolimuusin, vinca-alkaloidien, siklosporiinin, fentanyylin, CCB-lääkkeiden, losartaanin pitoisuuksia; seurattava. Samanaikainen celecoxib: pienennä celecoxibin annos puoleen. Lisääntynyt myopatian/rabdomyolyysin riski samanaikaisten HMG-CoA-reduktaasin estäjien kanssa; tarkkaa seurantaa. Vältä samanaikaista olaparibia; pienennä sen annosta, jos se on väistämätöntä. Voi voimistua diureettien vaikutuksesta. Saattaa antagonisoitua suun kautta otettavan simetidiinin, rifampiinin vaikutuksesta. Samanaikainen prednisoni: seurata lisämunuaiskuoren vajaatoimintaa, kun flukonatsoli lopetetaan. Keskushermostovaikutukset A-vitamiinin kanssa. Suun kautta otettavat ehkäisyvalmisteet: ks. täydelliset pakkausmerkinnät. Vältä muita maksatoksisia lääkkeitä.