Nachdem sich beide Seiten zurückgezogen hatten (und die Unabhängigkeit Kroatiens anerkannt wurde), begann sich eine ähnliche Dynamik in Bosnien und Herzegowina zu entfalten. Diese Republik folgte dem Beispiel Kroatiens und Sloweniens und erklärte im März 1992 ihre Unabhängigkeit, obwohl die serbische Führung zu diesem Zeitpunkt bereits ihre eigene Unabhängigkeit vom Rest der Republik erklärt hatte. Der darauf folgende Konflikt betraf vor allem die Zivilbevölkerung in den östlichen und westlichen Gebieten Bosniens, wo serbische Milizen kämpften, um die bosnische Unabhängigkeit zu negieren – und, falls dies nicht gelang, die bosniakische Bevölkerung dieser Regionen auszurotten. Die internationale Reaktion auf diese Kampagne war die Schaffung „sicherer Gebiete“, in denen die bosniakische Zivilbevölkerung vor den serbischen Milizen geschützt werden sollte. Die Milizen griffen jedoch trotzdem die Schutzzonen an. Am berüchtigtsten war der Überfall einer serbischen Miliz auf die Sicherheitszone der Stadt Srebenica, was die überwiegend bosniakische Zivilbevölkerung dazu veranlasste, in der nahe gelegenen Basis der Vereinten Nationen Zuflucht zu suchen. Dort überzeugten die Truppen unter der Führung des Milizenführers Ratko Mladic die UN-Truppen, die Männer von den Frauen und Kindern zu trennen. Letztere wurden in die von bosniakischen Kräften kontrollierte Zone deportiert. Die über 7.000 Ersteren wurden massakriert. In der späteren Rechtsprechung sowohl des Internationalen Strafgerichtshofs für Jugoslawien als auch des Internationalen Gerichtshofs wurde das Massaker als Völkermord eingestuft.
Später spalteten sich die verbleibenden jugoslawischen Republiken Mazedonien und Montenegro ab, ebenso wie die ehemalige autonome Provinz Kosovo. In allen Fällen kam es zu Gewalt gegen die Zivilbevölkerung, die sich an identitären Grenzen orientierte, am stärksten im Kosovo. 1999 führte eine multilaterale Truppe eine zehnwöchige Bombenkampagne gegen die serbischen Streitkräfte durch, von denen westliche Führer befürchteten, dass sie als Reaktion auf die Unabhängigkeitsbestrebungen des Kosovo eine weitere Kampagne ethnischer Säuberungen im Kosovo durchführen würden.
Das Programm für Völkermordstudien hat zahlreiche Seminare zu den Ereignissen in der Balkanregion angeboten. Jasmina Besirevic-Regan, Dozentin und Dekanin des Trumbull College in Yale, ist Mitglied des Beratungsgremiums des GSP.