Die Behandlung von Geschlechtsdysphorie konzentriert sich auf die Linderung des Leidens des Patienten im Zusammenhang mit seiner Geschlechtsidentität. Das bedeutet häufig eine Psychotherapie – insbesondere eine dialektische Verhaltenstherapie -, in der der Therapeut die Emotionen des Patienten bestätigt und ihm hilft, wirksame Bewältigungsstrategien zu entwickeln, um Dinge wie Selbstverletzung und Selbstmord zu vermeiden. Wenn der Leidensdruck zu Depressionen oder Angstzuständen geführt hat, können diese mit Therapie oder Medikamenten behandelt werden. Therapeuten arbeiten auch mit Patienten mit Geschlechtsdysphorie und ihren Familien zusammen, um ihnen zu helfen, den besten Weg zu finden, ihren Geschlechtsausdruck so zu gestalten, dass ein möglichst gesundes Ergebnis erzielt wird.
Einige Patienten wünschen eine Hormontherapie oder eine geschlechtsangleichende Operation, andere nicht. Transgender- und Endokrinologie-Organisationen empfehlen, mit dem Beginn einer Hormonbehandlung mindestens bis zum Alter von 16 Jahren zu warten, aber es muss berücksichtigt werden, was für den Einzelnen am besten ist. Eine Hormonbehandlung zur Unterdrückung der Pubertät über einen Zeitraum von mehreren Jahren wird manchmal eingesetzt, um den Patienten Zeit zu geben, sich für eine Operation zu entscheiden. Da sie die Entwicklung sekundärer Geschlechtsmerkmale – die Entwicklung der Brüste oder die Vertiefung der Stimme und das Wachstum der Gesichtsbehaarung – stoppt, verhindert sie auch den zusätzlichen Stress, der dadurch entsteht, dass der Körper des Patienten sich in einer Weise verhält, die nicht mit dem von ihm bestätigten Geschlecht übereinstimmt.