Anfänglich wuchs Rudolf in Wien auf, umgeben von einer immer größer werdenden Schar von Geschwistern. Dann wurde er 1563, im Alter von elf Jahren, zu seinem Onkel König Phillip II. an den spanischen Hof geschickt. Spanien war zu dieser Zeit eine Weltmacht, und der spanische Hof gab in Sachen Lebensstil und Kultur den Ton an. Der Hintergedanke war jedoch, den jungen Erzherzog dem Einfluss seines Vaters zu entziehen, der für seine äußerst toleranten Ansichten in religiösen Fragen bekannt war. Rudolf sollte in einem Umfeld der katholischen Orthodoxie erzogen werden, abgeschirmt von den protestantischen Strömungen, die sich in Mitteleuropa immer mehr durchsetzten. Der junge Erzherzog sollte der künftige oberste Herrscher des Heiligen Römischen Reiches werden, und in den Augen Spaniens, der Hauptlinie der Dynastie, war es unerlässlich, dass er im Sinne der habsburgischen Universalherrschaft unter dem Banner des Katholizismus erzogen wurde, die seit der Herrschaft Karls V. die Mission der Dynastie gewesen war.
In diesem Sinne erzogen, kehrte Rudolf als selbstbewusster Fürst der Dynastie nach Mitteleuropa zurück. Seine spanische Erziehung hatte ihn mit dem traditionellen mediterranen Katholizismus in Berührung gebracht, der von den Ideen der Reformation unberührt war. Für ihn stand jedoch die politische Komponente der Religion im Vordergrund, denn er verstand den Katholizismus in erster Linie als Instrument zur Festigung der Macht eines Monarchen. Als Person zeichnete er sich nicht gerade durch übermäßige Frömmigkeit aus.
1572 wurde er von den Ständen als Nachfolger seines Vaters auf den ungarischen Thron gewählt und 1575 als König von Böhmen anerkannt. Im selben Jahr wurde Rudolf von den Kurfürsten in Regensburg als Nachfolger seines Vaters im Reich bestätigt. Nur wenige Monate später, 1576, starb Maximilian II. plötzlich. Mit 24 Jahren war Rudolf nun ein Herrscher, der sich als Vermittler zwischen den Extremen verstand, sowohl im Reich als auch in seinen Erblanden.
1583 wurde der kaiserliche Hof von Wien nach Prag verlegt, das nun zu einer prächtigen Residenz ausgebaut werden sollte. Der junge Kaiser galt als hochkultiviert, begabt und vielversprechend, aber auch als völlig durchdrungen vom Konzept der kaiserlichen Würde, was seine Sozialisation am spanischen Hof am deutlichsten zum Ausdruck brachte. In den ersten Jahrzehnten seiner Regentschaft verfolgte Rudolf geschickt den systematischen Ausbau seiner Herrschaftsrechte.
Doch bald zeigten sich auch die Schattenseiten seines Charakters. Der Kaiser war bisweilen inkonsequent und ließ die Überzeugungskraft seiner Entscheidungen vermissen. Auf Phasen manischer Aktivität folgten Perioden völliger Apathie.