După ce ambele părți s-au retras (și independența Croației a fost recunoscută), o dinamică similară a început să se desfășoare în Bosnia și Herțegovina. Această republică a urmat exemplul Croației și Sloveniei, declarându-și independența în martie 1992, deși liderii sârbi își declaraseră deja, până la acel moment, propria independență față de restul republicii. Conflictul care a urmat a implicat cel mai intens populațiile civile din zonele de est și de vest ale Bosniei, unde milițiile sârbe au luptat pentru a nega independența bonsiană – și, în caz contrar, pentru a eradica populația bosniacă din aceste regiuni. Răspunsul internațional la această campanie a fost crearea unor „zone sigure” în care civilii bosniaci urmau să fie protejați de milițiile sârbe. Cu toate acestea, milițiile au vizat oricum zonele de siguranță. Cel mai cunoscut caz a fost cel în care o miliție sârbă a invadat zona de siguranță din orașul Srebenica, ceea ce a determinat populația civilă, majoritar bosniacă, să se refugieze la baza Națiunilor Unite din apropiere. Acolo, însă, forțele conduse de liderul miliției, Ratko Mladic, au convins forțele ONU să le permită să separe bărbații de femei și copii. Aceștia din urmă au fost deportați în zona controlată de forțele bosniace. Cei dintâi, în număr de peste 7.000, au fost masacrați. Jurisprudența ulterioară, atât a Curții Penale Internaționale pentru Iugoslavia, cât și a Curții Internaționale de Justiție, a stabilit că masacrul a constituit genocid.
Ulterior, republicile iugoslave rămase, Macedonia și Muntenegru, s-au separat, la fel ca și fosta provincie autonomă Kosovo. În fiecare caz, au existat violențe împotriva civililor definite în funcție de liniile identitare, cel mai intens în Kosovo. În 1999, o forță multilaterală a desfășurat o campanie de bombardamente care a durat zece săptămâni împotriva forțelor sârbe, de care liderii occidentali se temeau că vor desfășura o altă campanie de epurare etnică în Kosovo ca răspuns la aspirațiile de independență ale Kosovo.
Programul de studii privind genocidul a organizat numeroase seminarii legate de evenimentele din regiunea Balcanilor. Jasmina Besirevic-Regan, conferențiar și decan al Colegiului Trumbull de la Yale, face parte din consiliul de consilieri al GSP.
.