Tratamentul pentru disforia de gen se concentrează pe ameliorarea suferinței pacientului în legătură cu identitatea sa de gen. Acest lucru înseamnă adesea psihoterapie – și în special terapia comportamentală dialectică – în care un terapeut îi validează emoțiile și îl ajută să dezvolte abilități eficiente de adaptare, pentru a evita lucruri precum auto-vătămarea și suicidul. În cazul în care suferința lor a dus la depresie sau anxietate, acestea pot fi tratate cu terapie sau medicamente. Terapeuții lucrează, de asemenea, cu pacienții cu disforie de gen, și cu familiile lor, pentru a-i ajuta să determine cea mai bună modalitate de a-și modela expresia de gen pentru un rezultat cât mai sănătos.
Câțiva pacienți doresc terapie hormonală sau operație de schimbare de sex; alții nu. Organizațiile de transsexuali și de endocrinologie recomandă să se aștepte până la cel puțin 16 ani pentru a începe tratamentul hormonal, dar trebuie să se ia în considerare ceea ce este cel mai bine pentru individ. Tratamentul hormonal pentru a suprima pubertatea pentru o perioadă de până la câțiva ani este uneori folosit pentru a da timp unui pacient să decidă dacă va face sau nu o intervenție chirurgicală; deoarece oprește dezvoltarea caracteristicilor sexuale secundare – dezvoltarea sânilor sau adâncirea vocii și creșterea părului facial – previne, de asemenea, suferința suplimentară a corpului unui pacient care acționează într-un mod care nu se aliniază cu genul său afirmat.
.