La început, Rudolf a crescut la Viena, înconjurat de o hoardă din ce în ce mai mare de frați și surori. Apoi, în 1563, la vârsta de unsprezece ani, a fost trimis să locuiască cu unchiul său, regele Filip al II-lea, la curtea spaniolă. La acea vreme, Spania era o putere globală, iar curtea spaniolă dădea tonul în materie de stil de viață și cultură. Cu toate acestea, motivul ulterior a fost acela de a-l îndepărta pe tânărul arhiduce de influența tatălui său, care era cunoscut pentru opiniile sale extrem de tolerante în materie religioasă. Rudolf urma să fie educat într-un mediu de ortodoxie catolică, ferit de curentele protestante care se răspândiseră din ce în ce mai mult în Europa Centrală. Tânărul arhiduce urma să fie viitorul conducător suprem al Sfântului Imperiu Roman, iar în ochii Spaniei, linia principală a dinastiei, era imperativ ca el să fie crescut și educat în conformitate cu conceptul de putere universală a Habsburgilor sub stindardul catolicismului, care fusese misiunea dinastiei încă din timpul domniei lui Carol al V-lea.
După ce a fost educat în acest sens, Rudolf s-a întors în Europa Centrală ca un prinț al dinastiei plin de sine. Educația sa spaniolă îl adusese în contact cu catolicismul mediteranean tradițional care nu fusese afectat de ideile Reformei. Cu toate acestea, componenta politică a religiei se afla în prim-planul gândirii sale, deoarece înțelegea catolicismul în primul rând ca pe un instrument de consolidare a puterii unui monarh. Ca individ, el nu s-a remarcat în mod deosebit prin evlavia sa excesivă.
În 1572 a fost ales de către States ca succesor al tatălui său pe tronul Ungariei, iar în 1575 a fost recunoscut ca rege al Boemiei. În același an, Rudolf a fost confirmat de către electorii din Regensburg ca succesor al tatălui său în Imperiu. Doar câteva luni mai târziu, în 1576, Maximilian al II-lea a murit subit. În vârstă de 24 de ani, Rudolf era acum un conducător care își vedea rolul de mediator între extreme, atât în Imperiu, cât și în domniile sale patrimoniale.
În 1583, curtea imperială a fost mutată de la Viena la Praga, care acum urma să fie extinsă ca o reședință magnifică. Tânărul împărat era considerat ca fiind foarte cultivat, talentat și promițător, dar și cu totul pătruns de conceptul de demnitate imperială, cea mai clară manifestare a socializării sale la curtea spaniolă. În primele decenii ale domniei sale, Rudolf a urmărit cu pricepere extinderea sistematică a drepturilor sale suverane.
Cu toate acestea, părțile întunecate ale caracterului său s-au manifestat curând. Împăratul era uneori inconsecvent și îi lipsea convingerea deciziilor sale. Fazele de activitate maniacală erau urmate de perioade de apatie totală.