Jan van Helmont a fost un pictor de subiecte istorice, scene de gen și portrete. A pictat multe portrete ale unor personalități proeminente ale timpului său, printre care Johannes Jacobus Moretus și soția sa Theresia Mechtildis Schilders (1717, Muzeul Plantin-Moretus), proprietarii de atunci ai tipografiei Plantin Moretus din Anvers. A primit în mod regulat comenzi de la autoritățile orașului Anvers pentru a picta portrete ale unor personalități istorice, cum ar fi Alexander Farnese, Duce de Parma și pentru a restaura portretele celor 34 de suverani din sala de stat a Primăriei din Anvers.
Câteva dintre portretele pictate de van Helmont au fost ulterior gravate de gravorul olandez Jacob Houbraken. Un exemplu este Portretul lui Adriaan van Borssele van der Hooge, care a fost gravat de Houbraken după un desen realizat de Aart Schouman după o pictură de Jan van Helmont. Jan van Helmont a realizat desene pentru gravurile realizate de gravorul din Anvers Gaspar Bouttats. Un exemplu este Stema într-un oval flancat de îngeri (c. 1674 British Museum), care este o gravură realizată de Bouttats după un desen de van Helmont al unei plăci comemorative pentru nobila doamnă Isabelle de Berchem.
Jan van Helmont a creat picturi de istorie pe subiecte religioase pentru biserici din întreaga Flandra, inclusiv în Aalst, Willebroek și Wambeek.
Colecția Muzeului de Istorie Militară din Viena deține o „scenă de gardă” de Jan van Helmont. O scenă de cameră de gardă înfățișează în mod obișnuit o scenă cu ofițeri și soldați implicați în veselie. Scenele din camera de gardă includeau adesea mercenari și prostituate care împărțeau prada, hărțuiau prizonieri sau se dedau la alte forme de activități reprobabile. Genul a devenit popular la mijlocul secolului al XVII-lea, în special în Republica Olandeză. În Flandra au existat, de asemenea, câțiva practicanți ai genului, printre care David Teniers cel Tânăr, Abraham Teniers, Anton Goubau, Cornelis Mahu, Jan Baptist Tijssens cel Tânăr și tatăl lui Jan van Helmont, Mattheus. Compoziția lui Van Helmont înfățișează soldați în fața unei porți. În stânga se află un soldat care ține un steag deasupra unui tun, o grămadă de arme, o armură și o tobă. Armura înfățișată în tablou era deja învechită în momentul în care a fost pictată, deoarece armurile metalice, plăcile de piept și coifurile au ieșit din uz începând cu anii 1620. Este posibil ca, în concordanță cu intenția moralizatoare a genului, armura să fie o referință la motivul vanitas al tranzitivității puterii și faimei
.