Principala activitate de digestie are loc în intestinul subțire, care are o lungime remarcabilă de 21 de metri. Intestinul subțire descompune grăsimile, amidonul și proteinele în acizi grași, zaharuri simple și aminoacizi, pe care apoi îi poate absorbi.
Alimentele pe care le consumați au nevoie, în general, de trei până la cinci ore pentru a se deplasa prin intestinul subțire. În acest timp, alimentele sunt scăldate în enzimele și sucurile digestive care curg în intestin prin conductele de la ficat și pancreas. Bila, produsă de ficat și depozitată în vezica biliară, emulsionează grăsimile, permițând absorbția acestora. Enzimele secretate de pancreas, cum ar fi tripsina, amilaza și lipaza, ajută la digerarea proteinelor, carbohidraților și grăsimilor. Odată reduse la produse pe care organismul le poate gestiona, substanțele nutritive din alimentele digerate sunt absorbite de mucoasa subțire a intestinului și trimise către celulele din tot corpul prin intermediul fluxului sanguin și al sistemului limfatic.
Alimentele se deplasează prin intestinul subțire ca pe o bandă rulantă. Primul pas, după ce stomacul golește alimentele prin sfincterul piloric, este duodenul lung de un picior, situat la câțiva centimetri deasupra buricului. Multe minerale, cum ar fi fierul și calciul, sunt absorbite în duoden. Tot aici se alătură bila și sucurile pancreatice.
După duoden, următoarea parte a intestinului subțire este jejunul, care măsoară opt picioare în lungime. În jejun, grăsimile, amidonul și proteinele sunt în continuare descompuse și absorbite.
Cea de-a treia și cea mai joasă porțiune a intestinului subțire, ileonul, are o lungime de aproximativ 12 picioare. Ileonul absoarbe apa, precum și vitamina B12 și sărurile biliare.
.