John Wilkes Booth sare din loja președintelui de la Teatrul Ford după ce l-a împușcat pe Lincoln și l-a înjunghiat pe maiorul Rathbone.
La 11 aprilie 1865, la două zile după capitularea lui Lee la Appomattox, Lincoln a ținut un discurs în care a prezentat planurile sale de pace și reconstrucție. În public se afla John Wilkes Booth, un actor de succes, născut și crescut în Maryland. Booth era un credincios fervent al sclaviei și al supremației albilor. La auzul cuvintelor lui Lincoln, acesta i-a spus unui însoțitor: „Acum, pe Dumnezeu, îl voi trece. Acesta este ultimul discurs pe care îl va ține vreodată.”
După ce a eșuat în două încercări la începutul anului de a-l răpi pe președinte, Booth a decis că Lincoln trebuie să fie ucis. Conspirația sa a fost măreață în plan. Booth și colaboratorii săi au decis să îi asasineze pe președinte, pe vicepreședintele Andrew Johnson și pe secretarul de stat William Seward, toți în aceeași seară. Lincoln a decis să asiste la o comedie britanică, Our American Cousin, la Teatrul Ford, în care juca celebra actriță Laura Keene. Ulysses S. Grant plănuise să îi însoțească pe președinte și pe soția sa, dar în timpul zilei a decis să își vadă fiul în New Jersey. La piesa de teatru din acea seară, alături de soții Lincoln, au participat maiorul Henry Rathbone și logodnica sa, Clara Harris, fiica unui senator proeminent.
Acest broadside anunță asasinarea președintelui Lincoln și a secretarului de stat Seward. De fapt, Seward a supraviețuit atacului.
În mijlocul piesei din acea seară, Booth s-a strecurat în intrarea în loja președintelui, ținând un pumnal în mâna stângă și un pistol Derringer în mâna dreaptă. A tras cu pistolul la 15 centimetri de Lincoln și a tăiat brațul lui Rathbone cu cuțitul. Booth a sărit apoi peste partea din față a lojei președintelui, și-a prins piciorul drept într-un steag și a aterizat pe scenă, rupându-și piciorul. Și-a fluturat pumnalul și a strigat ceea ce se pare că a fost Sic semper tyrannis – în latină, „așa să fie mereu pentru tirani”. Unii au relatat că a spus: „Sudul este răzbunat”. Apoi a ieșit șchiopătând din teatru, a sărit pe calul său și a plecat spre Virginia.
Balonul a intrat în capul lui Lincoln chiar în spatele urechii stângi, i-a sfâșiat creierul și s-a oprit chiar în spatele ochiului drept. Rana a fost mortală. Lincoln a fost dus la o pensiune din apropiere, unde a murit în dimineața următoare. Celelalte ținte au scăpat de moarte. Lewis Powell, unul dintre complicii lui Booth, a mers la casa lui Seward, l-a înjunghiat și l-a rănit grav pe secretarul de stat, dar Seward a supraviețuit. Un alt complice, George Atzerodt, nu s-a putut hotărî să încerce să-l asasineze pe vicepreședintele Johnson.
Două săptămâni mai târziu, pe 26 aprilie, cavaleria Uniunii l-a prins pe Booth într-un hambar de tutun din Virginia. Soldații aveau ordin să nu tragă și au decis să-l ardă din hambar. A fost declanșat un incendiu. Înainte ca Booth să poată reacționa, sergentul Boston Corbett a țintit și l-a împușcat mortal pe Booth. Asasinul muribund a fost târât pe o verandă, unde ultimele sale cuvinte rostite au fost: „Inutil… inutil!”
Conspiratorii în asasinarea președintelui au fost judecați în fața unui tribunal militar cunoscut sub numele de Comisia Hunter.
Un tren a transportat trupul lui Lincoln pe un drum ocolitor înapoi acasă pentru a fi înmormântat în Springfield, Illinois. O națiune în doliu s-a adunat cu sutele de mii de oameni pentru a-și lua rămas bun de la președintele lor, primul care a căzut din cauza glonțului unui asasin.
.