Depois que ambos os lados recuaram (e a independência da Croácia foi reconhecida), dinâmicas semelhantes começaram a se desenvolver na Bósnia e Herzegovina. Essa república seguiu a liderança da Croácia e da Eslovénia ao declarar a independência em Março de 1992, embora os líderes sérvios já tivessem, nessa altura, declarado a sua própria independência em relação ao resto da república. O conflito que se seguiu envolveu mais intensamente as populações civis das áreas oriental e ocidental da Bósnia, onde as milícias sérvias lutaram para negar a independência da Bósnia – e, se não o fizessem, para erradicar a população bósnia daquelas regiões. A resposta internacional a esta campanha foi criar “Áreas Seguras”, nas quais os civis bósnios seriam protegidos das milícias sérvias. As milícias, no entanto, tinham como alvo as Áreas Seguras de qualquer maneira. Mais notoriamente, uma milícia sérvia invadiu a Área Segura da cidade de Srebenica, levando a população civil, na sua maioria bósnia, a procurar refúgio na base das Nações Unidas nas proximidades. Lá, porém, forças lideradas pelo líder da milícia Ratko Mladic convenceram as forças da ONU a permitir que separassem os homens das mulheres e crianças. Estes últimos foram deportados para a zona controlada pelas forças bósnias. As primeiras, em número superior a 7.000, foram massacradas. A jurisprudência subsequente, tanto do Tribunal Penal Internacional para a Jugoslávia como do Tribunal Internacional de Justiça, determinou que o massacre constituiu genocídio.
Later, as restantes repúblicas jugoslavas da Macedónia e Montenegro separaram-se, tal como a antiga província autónoma do Kosovo. Em cada caso, a violência contra civis definida segundo linhas de identidade existiu, de forma mais intensa no Kosovo. Em 1999, uma força multilateral conduziu uma campanha de bombardeamento de dez semanas contra as forças sérvias, que os líderes ocidentais receavam que fosse lançada outra campanha de limpeza étnica no Kosovo como resposta às aspirações de independência do Kosovo.
O Programa de Estudos sobre o Genocídio tem incluído numerosos seminários relacionados com os acontecimentos na região dos Balcãs. Jasmina Besirevic-Regan, professora e reitora do Trumbull College em Yale, faz parte do conselho de conselheiros do SPG.