Tratamento para disforia de gênero foca em aliviar o sofrimento do paciente em torno de sua identidade de gênero. Isso muitas vezes significa psicoterapia – e terapia de comportamento dialéctico em particular – na qual um terapeuta valida as suas emoções e ajuda-os a desenvolver capacidades eficazes para evitar coisas como a automutilação e o suicídio. Se a sua angústia levou à depressão ou ansiedade, estas podem ser tratadas com terapia ou medicação. Os terapeutas também trabalham com pacientes com disforia de gênero, e suas famílias, para ajudá-los a determinar a melhor maneira de moldar sua expressão de gênero para o resultado mais saudável.
Alguns pacientes desejam terapia hormonal ou cirurgia de mudança de sexo; outros não. Organizações transgênero e endocrinologia recomendam esperar até pelo menos 16 anos para iniciar o tratamento hormonal, mas o que é melhor para o indivíduo precisa ser considerado. O tratamento hormonal para suprimir a puberdade durante vários anos é às vezes usado para dar tempo ao paciente para decidir se deve ou não fazer a cirurgia; uma vez que impede o desenvolvimento de características sexuais secundárias – desenvolvimento dos seios, ou o aprofundamento da voz e crescimento dos pêlos faciais – também previne a angústia adicional do corpo do paciente agindo de uma forma que não se alinha com o seu sexo afirmado.