Embora haja muita diversidade representada nas estruturas reprodutivas do Nemata de Filo, há muitas características que são típicas do filo. As estruturas reprodutivas básicas masculinas incluem: um testículo, uma vesícula seminal e um vaso deferente que se abre para uma cloaca. Um testículo é mais comum, dois testículos são encontrados em algumas espécies, enquanto em outras um testículo é reduzido. Espermatogônias são produzidas no testículo e armazenadas na vesícula seminal até os companheiros nematódeos. Isto é ilustrado em desenhos de H. Hirschmann, em Plant Parasitic NematodesVol. I, 1971, Academic Press pg. 52-53. A presença de um ou dois espículos copulatórios ajuda a dialisar a vulva e pode também servir de canal para os espermatozóides. Os espículos são feitos de cutícula endurecida, terminando em dendritos sensoriais, na ponta. Muitas vezes a parede do corpo ao redor da cloaca é modificada em abursa, o que ajuda a orientar o nematódeo masculino e depois ajuda a manter os twonematodes juntos.
Os espermatozóides são amaeboid, e podem ter muitas modificações diferentes. Alguns espermatozóides são redondos a ovóides em forma, enquanto outros têm uma semelhança com espermatozóides flagelados. Diferentes tipos de espermatozóides caracterizam diferentes grupos taxonómicos de nemátodos.
As estruturas básicas femininas incluem: um ou dois ovários, recipientes seminais, uteros, ovijectores e uma vuvla. O ovário produz oogônio, que mais tarde se desenvolve em oócitos. Os recipientes seminais, por vezes desenvolvidos em espermathecea, armazenam os espermatozóides até serem necessários para fertilizar um ooctídeo. O oócito fertilizado desenvolve-se então para um óvulo no útero. O útero muitas vezes termina num ovijector. O ovijector é muito musculoso e usa o movimento corporal combinado com a alta pressão interna do nemátodo para expelir o óvulo através da vagina. Todos os nematódeos põem ovos. A singamia, ou fertilização cruzada, é comum na maioria dos nematódeos. O hermafroditismo também ocorre, com as nematodegonadas produzindo espermatozóides primeiro e armazenando-os até que os óvulos sejam produzidos. A partenogênese também é um meio normal de reprodução em somenódeos.