No início Rudolf cresceu em Viena rodeado por uma horda de irmãos cada vez maior. Depois, em 1563, aos onze anos de idade, foi enviado para viver com o seu tio Rei Filipe II na corte espanhola. Nessa época, a Espanha era uma potência global, e a corte espanhola deu o tom em questões de estilo de vida e cultura. O motivo posterior, porém, era retirar o jovem arquiduque da influência de seu pai, que era conhecido por suas opiniões extremamente tolerantes em assuntos religiosos. Rudolf deveria ser educado num ambiente de ortodoxia católica, protegido das correntes protestantes que se tinham instalado cada vez mais na Europa Central. O jovem arquiduque seria o futuro governante supremo do Sacro Império Romano, e aos olhos da Espanha, a linha principal da dinastia, era imperativo que ele fosse educado de acordo com o conceito de poder universal dos Habsburgos sob a bandeira do catolicismo que tinha sido a missão da dinastia desde o reinado de Carlos V.
Sendo educado segundo estas linhas, Rudolf retornou à Europa Central como um príncipe seguro de si da dinastia. A sua educação espanhola tinha-o posto em contacto com o tradicional catolicismo mediterrânico que não era afectado pelas ideias da Reforma. No entanto, era a componente política da religião que estava na vanguarda do seu pensamento, pois ele entendia o catolicismo antes de mais nada como um instrumento para fortalecer o poder de um monarca. Como indivíduo não era especialmente notável pela sua excessiva piedade.
Em 1572 foi eleito pelos herdeiros como sucessor de seu pai no trono da Hungria, e em 1575 foi reconhecido como rei da Boémia. No mesmo ano Rudolf foi confirmado pelos eleitores em Regensburg como sucessor do seu pai no Império. Apenas alguns meses depois, em 1576, Maximiliano II morreu subitamente. Com vinte e quatro anos, Rudolf era agora um governante que via o seu papel de mediador entre os extremos, tanto no Império como nos seus domínios patrimoniais.
Em 1583 a corte imperial foi transferida de Viena para Praga, que seria agora expandida como uma magnífica residência. O jovem imperador era considerado altamente culto, talentoso e promissor, mas também totalmente imbuído do conceito de dignidade imperial, a manifestação mais clara da sua socialização na corte espanhola. Durante as primeiras décadas do seu reinado Rudolf perseguiu habilmente a extensão sistemática dos seus direitos soberanos.
No entanto, os lados negros do seu carácter logo se manifestaram. O imperador era por vezes inconsistente e não tinha a convicção das suas decisões. As fases da atividade maníaca foram seguidas por feitiços de apatia total.