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Agora, a nossa principal alegação é que o código tessera representa um antepassado do código primitivo, ou seja, um código pré-natal, colocado entre o código primitivo e o código primitivo. Existem vários argumentos que suportam o código tessera como código pré-auricular (o marco quadrado na figura 4). Primeiro e acima de tudo, ele tem exatamente a mesma estrutura de degenerescência do código genético primitivo. Além disso, o código tessera está de acordo com a hipótese de Baranov et al. , propondo uma origem do código com oligonucleotídeos longos, seguida por uma diminuição do comprimento do códão até que o número ótimo de 3 seja alcançado. Assumindo que o código pré-arly tem códons de comprimento 4 implica que também o código primitivo tem códons de comprimento pelo menos 4. Na verdade, mostramos que o código genético primitivo dos Jukes pode ser implementado com códons genéricos de comprimento 4. Na descrição seguinte, usamos o termo códon para significar códons de comprimento 4 ou tetracodons. O código dos Jukes tem 15 aminoácidos com degenerescência 4, um aminoácido com degenerescência 2 e dois códons de parada. No total, existem 15 elementos com degenerescência 4 e 2 elementos com degenerescência 2. Se assumirmos que este código teve origem em códons de 4 nucleotídeos, então isto implica a escolha de 17 elementos/aminoácidos que podem ser codificados por dois ou quatro códons retirados do conjunto de 44 = 256 códons. Note que o conjunto de 256 códons pode ser dividido num subconjunto de 32 códons que possuem algumas simetrias (estas correspondem às duas primeiras colunas do código tessera da tabela 1) e um subconjunto de 224 códons sem simetria. Como mostrado acima, códons simétricos correspondem a aminoácidos com degenerescência 2, enquanto códons assimétricos correspondem a aminoácidos com degenerescência 4. Agora, se assumirmos um mecanismo aleatório para a atribuição de códons a aminoácidos, a distribuição da degenerescência que tem a maior probabilidade corresponde exatamente à do código de Jukes. Nós mostramos isto no material eletrônico suplementar B. Jukes assume que um dos elementos da degenerescência 2 está associado com o sinal de parada. Com esta escolha, os códigos de parada são menos propensos a serem gerados por erros aleatórios, ou seja, estes elementos são menos ambíguos do que aqueles com degenerescência 4. Da mesma forma, é natural que o outro elemento com degenerescência 2 corresponda ao aminoácido que codifica o sinal de início.

Mostramos que o código primitivo (versão de Jukes) é naturalmente descrito com códons de comprimento 4. Agora, descrevemos um possível caminho evolutivo do código de Jukes para o código de tessera. Na nossa abordagem, o código primitivo é composto por dois pares de códones simétricos e 60 códones não simétricos. Note que a seleção dos códons simétricos, devido à sua menor propensão a apontar o erro de mutações, representa um primeiro passo para selecionar a metade simétrica do conjunto tessera. Suponha que um novo adaptador possuindo um anticódon simétrico aparece e compete (carrega o mesmo aminoácido) com um adaptador existente possuindo um anticódon assimétrico. O novo adaptador pode ligar-se a códons simétricos que fazem parte do conjunto tessera (primeiras duas colunas da tabela 1). Tal adaptador tem uma vantagem evolutiva sobre o que carrega um anticódão não simétrico, pois tem duas configurações espaciais diferentes que podem ser usadas para encadernação com o códão. Por exemplo, o adaptador da figura 2 carrega o anti-códão palíndromo AUUA. Se o adaptador for invertido, ele ainda pode ligar-se ao códão/tessera UAAU. Esta pressão seletiva causa a captura de todos os códons simétricos (tetracodons)/tesserae à custa dos códons não simétricos. No final deste processo, temos um código composto por 32 tesselas simétricas, e 32 tetracodões não simétricos que não pertencem necessariamente ao conjunto tessera. Neste ponto, um novo passo de otimização é alcançado selecionando tesserae não simétricas: como mostrado em , as tesserae são imunes a mutações pontuais4 e, portanto, sobrevivem aos tetracodons não-tessera devido à pressão evolutiva da precisão de decodificação. As 32 tesserae simétricas são imunes a mutações pontuais (duas mutações pontuais simultâneas, altamente improváveis, são necessárias para produzir uma transição entre duas tesserae). Isto significa que os tRNAs correspondentes não levam à incorporação de um aminoácido não congnato se forem submetidos a uma mutação pontual. Esta propriedade de detecção de erros implica uma vantagem evolutiva em termos de precisão da síntese proteica. Os 32 tetracodons não simétricos restantes não são necessariamente tesserae, mas aqueles que são tesserae têm a propriedade de imunidade ao erro, de modo que serão gradualmente selecionados pelas razões acima mencionadas. Assim, obtemos a estrutura completa do código tessera pré-auricular cuja distribuição de degenerescência coincide com a do código inicial (e com a do código mitocondrial dos vertebrados existentes).

Mostramos que a transição entre o código dos Jukes e o código tessera é a mais provável sob hipóteses mínimas. Claramente, nesta transição, o reconhecimento tessera torna-se mais específico do que o reconhecimento tetracodon do código dos Jukes. De fato, a propriedade de detecção de erro do código tessera permite reduzir a ambigüidade relacionada à carga de aminoácidos dos adaptadores de tetracodon. Por sua vez, a maior precisão no reconhecimento do código tessera permite refinar a escolha dos aminoácidos devido à pressão evolutiva da performance proteica.

A nossa hipótese do código tessera como código pré-auricular implica também outra grande transição evolutiva, ou seja, a transição entre o código tessera e o código inicial. Uma vez que o código primitivo é suposto ter códons de comprimento três, o maior problema implicado por esta transição está relacionado com a mudança no comprimento do códon, que é geralmente considerado deletério. Note-se que (i) qualquer teoria sobre a origem do código com códão de comprimento diferente de três deve enfrentar este problema e (ii) tal transição é deletério quando se atinge um nível evolutivo no qual o código congelou, já que isto implica uma mudança dramática na sequência de aminoácidos de todas as proteínas de um organismo; no entanto, isto não é necessariamente o caso em passos evolutivos anteriores mais próximos da origem do código. O código tessera permite encontrar uma boa solução para o problema da transição dos tetracódones para os códones. Na verdade, a informação transportada pelo conjunto tessera é redundante. Por definição, se quaisquer três, de quatro, letras de um tessera são conhecidas, então a letra que falta pode ser derivada univocamente. Assim, do ponto de vista da teoria da codificação, o código tessera e qualquer código genético do trinucleotídeo têm o mesmo conteúdo informativo. Isto implica que um mapeamento um-a-um entre tessera e códons pode ser estabelecido. A estrutura essencial de tal mapeamento implica que as transformações entre as letras adjacentes de um tessera tornam-se os nucleotídeos de um códon. Em particular, dada uma tessera b1b2b3b4 podemos ter três transformações químicas entre letras adjacentes: t12 = f(b1b2) entre b1 e b2, t23 = f(b2b3) entre b2 e b3, e t34 = f(b3b4) entre b3 e b4. Note que apenas duas destas três transformações são independentes, uma vez que t34 = t12. Na tabela 4a, rearranjamos o código tessera de acordo com a transformação t12 (filas) e t23 (colunas). Propomos que t12 e t23 sejam mapeados no primeiro e segundo nucleotídeo do códão, respectivamente (x1, x2). Esta correspondência é mostrada na tabela 3. Além disso, a quarta letra b4 é mapeada para o terceiro nucleotídeo do códon x3. Uma representação esquemática do mapeamento é apresentada na figura 5. Note que, de acordo com este mapeamento, as colunas do conjunto tessera são mapeadas nas colunas do código genético para que t23 = I seja mapeado nos códons NAN (degeneração não-4), e t23 = KM seja mapeado nos códons NCN (composto apenas de famílias); compare a tabela tabela44b com a tabela 4c. Podemos observar que estas duas colunas do código tessera partilham a mesma degenerescência com as colunas correspondentes do código genético (seja 4 ou 2 + 2). O preenchimento natural do mapeamento atribui t23 = SW aos códons NUN e t23 = YR aos códons NGN. Estas duas últimas atribuições precisam de ter em conta algumas excepções determinadas pelo facto de na transição de tesserae para os códões Rumer a simetria é de facto preservada, mas a simetria auto-complementar não pode. A interação tessera-antitessera é mais específica do que a do códon-anticodonte, devido à presença de quatro ligações químicas do tipo Watson-Crick-. No entanto, no caso do código genético existente, a degenerescência é principalmente determinada pela interacção códon-anticodonte das duas primeiras bases. Assim, assumindo que a energia de ligação em tempos pré-código-arly é comparável à do Watson-Crick, a energia de interação tessera-antitessera deve ser aproximadamente o dobro da energia real do códon-anticodon.