Jan van Helmont foi um pintor de temas de história, cenas de gênero e retratos. Ele pintou muitos retratos de personalidades proeminentes de seu tempo, incluindo Johannes Jacobus Moretus e sua esposa Theresia Mechtildis Schilders (1717, Museu Plantin-Moretus), os então proprietários da gráfica Plantin Moretus em Antuérpia. Ele recebeu regularmente encomendas das autoridades da cidade de Antuérpia para pintar retratos de figuras históricas como Alexander Farnese, Duque de Parma e para restaurar os retratos dos 34 soberanos na sala de estado da Câmara Municipal de Antuérpia.
algumas das pinturas de retratos de van Helmont foram mais tarde gravadas pelo gravador holandês Jacob Houbraken. Um exemplo é o Retrato de Adriaan van Borssele van der Hooge, que foi gravado por Houbraken depois de um desenho feito por Aart Schouman depois de uma pintura de Jan van Helmont. Jan van Helmont fez desenhos para gravuras do gravador de Antuérpia Gaspar Bouttats. Um exemplo é o brasão de armas em uma oval flanqueada por anjos (c. 1674 British Museum), que é uma gravura de Bouttats depois de um desenho de van Helmont de uma placa memorial para a nobre dama Isabelle de Berchem.
>Jan van Helmont criou pinturas históricas sobre temas religiosos para igrejas em toda a Flandres, incluindo em Aalst, Willebroek e Wambeek.
A colecção do Museu de História Militar, Viena contém uma ‘cena de guarda’ de Jan van Helmont. Uma cena de guarda tipicamente representa uma cena com oficiais e soldados engajados na folia. Cenas de guardas muitas vezes incluem mercenários e prostitutas dividindo espólio, assediando prisioneiros ou entregando-se a outras formas de atividades repreensíveis. O género tornou-se popular em meados do século XVII, particularmente na República Holandesa. Na Flandres havia também alguns praticantes do género, incluindo David Teniers o Jovem, Abraham Teniers, Anton Goubau, Cornelis Mahu, Jan Baptist Tijssens o Jovem e o pai de Jan van Helmont Mattheus. A composição de Van Helmont retrata soldados em frente a um portão. À esquerda há um soldado segurando uma bandeira sobre um canhão, uma pilha de armas, uma armadura e um tambor. A armadura retratada no quadro já estava desatualizada na época em que foi pintada, pois armaduras de metal, placas de peito e capacetes caíram fora de uso desde os anos 1620. É possível que em consonância com a intenção moralizante do gênero, a armadura seja uma referência ao motivo vanitas da transiência de poder e fama.