Aristoteles betrachtete die Psychologie als Teil der Naturphilosophie, und er schrieb viel über die Philosophie des Geistes. Dieses Material erscheint in seinen ethischen Schriften, in einer systematischen Abhandlung über die Natur der Seele (De anima) und in einer Reihe kleinerer Monographien zu Themen wie Sinneswahrnehmung, Gedächtnis, Schlaf und Traum.
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Für den Biologen Aristoteles ist die Seele nicht – wie in einigen Schriften Platons – ein Exil aus einer besseren Welt, das schlecht in einem niederen Körper untergebracht ist. Das eigentliche Wesen der Seele wird durch ihre Beziehung zu einer organischen Struktur definiert. Nicht nur Menschen, sondern auch Tiere und Pflanzen haben eine Seele, ein dem tierischen und pflanzlichen Leben innewohnendes Prinzip. Eine Seele, sagt Aristoteles, ist „die Aktualität eines Körpers, der Leben hat“, wobei Leben die Fähigkeit zur Selbsterhaltung, zum Wachstum und zur Fortpflanzung bedeutet. Betrachtet man eine lebende Substanz als eine Zusammensetzung aus Materie und Form, dann ist die Seele die Form eines natürlichen – oder, wie Aristoteles manchmal sagt, organischen – Körpers. Ein organischer Körper ist ein Körper, der Organe hat, d.h. Teile, die bestimmte Funktionen haben, wie z.B. die Münder von Säugetieren und die Wurzeln von Bäumen.
Die Seelen der Lebewesen werden von Aristoteles in einer Hierarchie angeordnet. Pflanzen haben eine vegetative oder nutritive Seele, die aus den Kräften des Wachstums, der Ernährung und der Fortpflanzung besteht. Tiere haben zusätzlich die Kräfte der Wahrnehmung und der Fortbewegung – sie besitzen eine Empfindungsseele, und jedes Tier hat mindestens eine Sinnesfähigkeit, wobei der Tastsinn die allgemeinste ist. Was überhaupt fühlen kann, kann auch Lust empfinden; daher haben Tiere, die Sinne haben, auch Begierden. Der Mensch besitzt darüber hinaus die Kraft der Vernunft und des Denkens (logismos kai dianoia), die man als rationale Seele bezeichnen kann. Die Art und Weise, wie Aristoteles die Seele und ihre Fähigkeiten strukturierte, beeinflusste nicht nur die Philosophie, sondern auch die Wissenschaft für fast zwei Jahrtausende.
Aristoteles‘ theoretisches Konzept der Seele unterscheidet sich von demjenigen Platons vor ihm und René Descartes (1596-1650) nach ihm. Eine Seele ist für ihn kein inneres immaterielles Agens, das auf einen Körper einwirkt. Seele und Körper sind ebenso wenig voneinander zu unterscheiden wie der Abdruck eines Siegels von dem Wachs, in das es eingeprägt ist. Die Teile der Seele sind vielmehr Fähigkeiten, die sich durch ihre Tätigkeiten und ihre Gegenstände voneinander unterscheiden. Der Sehsinn unterscheidet sich vom Hörsinn nicht, weil die Augen von den Ohren verschieden sind, sondern weil die Farben von den Tönen verschieden sind.
Es gibt zwei Arten von Sinnesobjekten: solche, die bestimmten Sinnen eigen sind, wie Farbe, Klang, Geschmack und Geruch, und solche, die von mehr als einem Sinn wahrgenommen werden können, wie Bewegung, Zahl, Form und Größe. Man kann zum Beispiel feststellen, ob sich etwas bewegt, indem man es beobachtet oder fühlt, und somit ist Bewegung ein „allgemeiner Sinn“. Obwohl es kein spezielles Organ für die Erkennung von common sensibles gibt, gibt es eine Fähigkeit, die Aristoteles einen „zentralen Sinn“ nennt. Wenn man zum Beispiel einem Pferd begegnet, kann man es sehen, hören, fühlen und riechen; es ist der zentrale Sinn, der diese Empfindungen zu Wahrnehmungen eines einzigen Objekts vereint (obwohl das Wissen, dass dieses Objekt ein Pferd ist, für Aristoteles eher eine Funktion des Intellekts als der Sinne ist).
Neben den fünf Sinnen und dem zentralen Sinn erkennt Aristoteles noch andere Fähigkeiten an, die später als die „inneren Sinne“ zusammengefasst wurden, insbesondere die Vorstellungskraft und das Gedächtnis. Selbst auf der rein philosophischen Ebene sind Aristoteles‘ Ausführungen zu den inneren Sinnen jedoch wenig ergiebig.
Auf derselben Ebene innerhalb der Hierarchie wie die Sinne, die kognitive Fähigkeiten sind, gibt es auch eine affektive Fähigkeit, die der Ort des spontanen Gefühls ist. Es handelt sich um einen Teil der Seele, der grundsätzlich irrational ist, aber von der Vernunft kontrolliert werden kann. Es ist der Ort des Begehrens und der Leidenschaft; wenn es unter die Herrschaft der Vernunft gebracht wird, ist es der Sitz der moralischen Tugenden, wie Mut und Mäßigung. Die höchste Ebene der Seele wird vom Geist oder der Vernunft eingenommen, dem Ort des Denkens und des Verstehens. Das Denken unterscheidet sich von der Sinneswahrnehmung und ist auf Erden das Vorrecht des Menschen. Das Denken ist wie die Sinneswahrnehmung eine Angelegenheit der Urteilsbildung, aber die Sinneswahrnehmung bezieht sich auf das Partikulare, während das intellektuelle Wissen das Universale betrifft. Die Vernunft kann praktisch oder theoretisch sein, und dementsprechend unterscheidet Aristoteles zwischen einem deliberativen und einem spekulativen Vermögen.
In einer bekanntermaßen schwierigen Passage von De anima führt Aristoteles eine weitere Unterscheidung zwischen zwei Arten von Verstand ein: einem passiven, der „alle Dinge werden kann“, und einem aktiven, der „alle Dinge machen kann“. Der aktive Geist, sagt er, ist „trennbar, unbeweglich und unvermischt“. In der Antike und im Mittelalter wurde diese Passage sehr unterschiedlich interpretiert. Einige – vor allem arabische Kommentatoren – identifizierten den trennbaren Wirkstoff mit Gott oder einer anderen übermenschlichen Intelligenz. Andere – vor allem lateinische Kommentatoren – waren der Ansicht, dass Aristoteles zwei verschiedene Fähigkeiten innerhalb des menschlichen Geistes identifiziert: einen aktiven Intellekt, der Begriffe bildet, und einen passiven Intellekt, der ein Speicher für Ideen und Überzeugungen ist.
Wenn die zweite Interpretation richtig ist, dann erkennt Aristoteles hier einen Teil der menschlichen Seele an, der vom Körper trennbar und unsterblich ist. Hier und an anderen Stellen ist bei Aristoteles neben seiner biologischen Standardvorstellung von der Seele ein Rest einer platonischen Vision erkennbar, nach der der Intellekt eine vom Körper trennbare Einheit ist. Niemand hat eine völlig zufriedenstellende Versöhnung zwischen den biologischen und den transzendenten Zügen in Aristoteles‘ Denken gefunden.