Nadat beide partijen zich hadden teruggetrokken (en de onafhankelijkheid van Kroatië was erkend), begon zich in Bosnië-Herzegovina een soortgelijke dynamiek af te tekenen. De republiek volgde het voorbeeld van Kroatië en Slovenië door in maart 1992 de onafhankelijkheid uit te roepen, hoewel de Servische leiders op dat moment hun eigen onafhankelijkheid van de rest van de republiek al hadden uitgeroepen. De burgerbevolking van de oostelijke en westelijke gebieden van Bosnië, waar Servische milities vochten om de Bonsische onafhankelijkheid teniet te doen – en, als dat niet lukte, om de Bosnische bevolking van die gebieden uit te roeien – was het zwaarst betrokken bij het daaropvolgende conflict. De internationale reactie op deze campagne was het creëren van “veilige gebieden” waarin Bosnische burgers moesten worden beschermd tegen Servische milities. De milities richtten zich echter toch op de Veilige Gebieden. Het meest berucht is dat een Servische militie de Veilige Zone van de stad Srebenica overviel, waardoor de hoofdzakelijk Bosnische burgerbevolking haar toevlucht zocht in de nabijgelegen basis van de Verenigde Naties. Daar overtuigden troepen onder leiding van de militieleider Ratko Mladic de VN-troepen er echter van hen toe te staan de mannen van de vrouwen en kinderen te scheiden. De laatstgenoemden werden gedeporteerd naar de zone die door de Bosnische strijdkrachten werd gecontroleerd. De eerstgenoemden, meer dan 7.000 in getal, werden afgeslacht. In latere jurisprudentie, zowel van het Internationaal Strafhof voor Joegoslavië als van het Internationaal Gerechtshof, werd bepaald dat de massamoord genocide was.
Later scheidden de resterende Joegoslavische republieken Macedonië en Montenegro zich af, evenals de voormalige autonome provincie Kosovo. In beide gevallen was er sprake van geweld tegen burgers op basis van identiteit, het hevigst in Kosovo. In 1999 voerde een multilaterale troepenmacht een tien weken durende bombardementscampagne tegen Servische troepen, waarvan westerse leiders vreesden dat ze in Kosovo een nieuwe campagne van etnische zuivering zouden uitvoeren als reactie op het onafhankelijkheidsstreven van Kosovo.
In het kader van het programma Genocidestudies zijn talrijke seminars georganiseerd over de gebeurtenissen in de Balkanregio. Jasmina Besirevic-Regan, docent en decaan van het Trumbull College in Yale, is lid van de raad van adviseurs van het GSP.