Hoewel de voortplantingsstructuren van het fylum Nemata sterk uiteenlopen, zijn er toch veel kenmerken die typisch zijn voor dit fylum. Mannelijke nematoden zijn gewoonlijk kleiner dan hun vrouwelijke tegenhangers. De fundamentele mannelijke voortplantingsstructuren omvatten: één testis, een zaadblaasje en een zaadleider die uitkomt in een cloaca. Spermatogonia worden in de testis geproduceerd en in de zaadblaas opgeslagen totdat de nematode paart. Dit wordt geïllustreerd in tekeningen van H. Hirschmann, in Plant Parasitic NematodesVol. I, 1971, Academic Press pg. 52-53. De aanwezigheid van één of twee copulatiespicules helpt bij de dialyse van de vulva en kan ook dienen als kanaal voor de spermatozoa.De spicules zijn gemaakt van verharde cuticula, eindigend in sensorische dendrieten nabij de tip. Vaak is de lichaamswand rond de cloaca gemodificeerd tot abursa, die helpt bij het oriënteren van de mannelijke nematode en dan helpt bij het bij elkaar houden van de twee aaltjes.
Spermatozoa zijn amaeboid, en kunnen veel verschillende modificaties hebben. Sommige spermatozoa zijn rond tot eivormig, terwijl andere een gelijkenis vertonen met gevleugeld sperma. Verschillende soorten spermatozoën kenmerken verschillende taxonomische groepen van nematoden.
Basisstructuren van de vrouw zijn: een of twee eierstokken, zaadleiders, baarmoeders, eileiders en een vuvla. De eierstok produceert oogonia, die zich later ontwikkelen tot oöcyten. De zaadleiders, soms ontwikkeld tot een spermathecea, slaan de spermatozoa op totdat ze nodig zijn om een oöcyt te bevruchten. De bevruchte eicel ontwikkelt zich vervolgens tot een eicel in de baarmoeder. De baarmoeder eindigt vaak in een ovijector. De ovijector is zeer gespierd en maakt gebruik van lichaamsbeweging in combinatie met de hoge inwendige lichaamsdruk van de nematode om het eitje via de vagina uit te drijven. Alle nematoden leggen eitjes. Syngamie, of kruisbevruchting, komt bij de meeste nematoden voor. Ook hermafroditisme komt voor, waarbij de aaltjesgonaden eerst spermatozoa produceren en deze opslaan totdat de eitjes worden geproduceerd. Parthenogenese is ook een normale wijze van voortplanting bij nematoden.