De behandeling van genderdysforie richt zich op het verlichten van het leed van de patiënt rond zijn of haar genderidentiteit. Dat betekent vaak psychotherapie – en dialectische gedragstherapie in het bijzonder – waarbij een therapeut hun emoties valideert en hen helpt effectieve copingvaardigheden te ontwikkelen, om zaken als zelfverwonding en suïcidaliteit te vermijden. Als hun verdriet heeft geleid tot depressie of angst, kunnen die worden behandeld met therapie of medicatie. Therapeuten werken ook met genderdysforie patiënten, en hun families, om hen te helpen bepalen wat de beste manier is om hun genderexpressie vorm te geven voor de gezondste uitkomst.
Sommige patiënten willen hormoontherapie of geslachtsaanpassende chirurgie; anderen willen dat niet. Transgender- en endocrinologie-organisaties raden aan tot minstens 16 jaar te wachten om met hormoonbehandeling te beginnen, maar wat het beste is voor het individu moet worden overwogen. Hormoonbehandeling om de puberteit te onderdrukken gedurende meerdere jaren wordt soms gebruikt om een patiënt tijd te geven om te beslissen of hij een operatie wil ondergaan; aangezien het de ontwikkeling van secundaire geslachtskenmerken stopt – borstontwikkeling, of het dieper worden van de stem en de groei van gezichtshaar – voorkomt het ook het extra leed van het lichaam van een patiënt dat zich gedraagt op een manier die niet overeenkomt met hun bevestigde geslacht.