Het station opende samen met de andere COASTER-stations toen de spoordienst begon op 27 februari 1995, en bediende de zuidelijke gemeenschappen van Carlsbad in tegenstelling tot het station Carlsbad Village.
Op 7 oktober 2013 begon de Amtrak Pacific Surfliner te stoppen op vier COASTER-stations: Carlsbad Village, Carlsbad Poinsettia, Encinitas, en Sorrento Valley. Amtrak liet de dienst naar Carlsbad Poinsettia en Encinitas op 9 oktober 2017 vallen vanwege het lage aantal rijders.
Met het toenemende aantal rijders en een vraag naar uitbreiding, onderging het station een renovatie van vierendertig miljoen dollar die begon in mei 2018. De perrons werden verlengd tot 1.000 voet (300 m) om plaats te bieden aan langere treinen, en werden ook verhoogd voor toegankelijkheid en gemakkelijker instappen. Er werd een onderdoorgang voor voetgangers aangelegd (ter vervanging van de twee gelijkvloerse voetgangersoversteekplaatsen aan beide uiteinden van de perrons) en er werd hekwerk tussen de sporen geplaatst, waardoor twee treinen tegelijk door het station kunnen rijden. Bovendien werden de sporen en perrons iets ten westen van hun oude locatie opnieuw uitgelijnd en werden nieuwe bewegwijzering en luifels geplaatst. Het project werd uiteindelijk voltooid in februari 2020.