Op het eerste gezicht groeide Rudolf op in Wenen, omringd door een steeds groter wordende horde broers en zussen. In 1563, toen hij elf jaar oud was, werd hij naar het Spaanse hof gestuurd om bij zijn oom, koning Filips II, te gaan wonen. In die tijd was Spanje een wereldmacht, en het Spaanse hof gaf de toon aan op het gebied van levensstijl en cultuur. De bijbedoeling was echter om de jonge aartshertog te onttrekken aan de invloed van zijn vader, die bekend stond om zijn uiterst tolerante opvattingen in religieuze zaken. Rudolf zou worden opgevoed in een omgeving van katholieke orthodoxie, afgeschermd van de protestantse stromingen die in Midden-Europa steeds meer voet aan de grond hadden gekregen. De jonge aartshertog zou de toekomstige opperheerser van het Heilige Roomse Rijk worden, en in de ogen van Spanje, de belangrijkste tak van de dynastie, was het noodzakelijk dat hij werd opgevoed en opgeleid volgens het concept van de universele Habsburgse macht onder het vaandel van het katholicisme, dat sinds de regering van Karel V de missie van de dynastie was geweest.
Na deze opvoeding keerde Rudolf als een zelfverzekerde vorst van de dynastie terug naar Midden-Europa. Zijn Spaanse opvoeding had hem in contact gebracht met het traditionele mediterrane katholicisme, dat niet was beïnvloed door de ideeën van de Reformatie. Het was echter de politieke component van de godsdienst die in zijn denken op de voorgrond stond, omdat hij het katholicisme in de eerste plaats zag als een instrument om de macht van een vorst te ondersteunen. Als individu stond hij niet bepaald bekend om zijn buitensporige vroomheid.
In 1572 werd hij door de Edelen gekozen als zijn vaders opvolger op de troon van Hongarije, en in 1575 erkend als koning van Bohemen. In datzelfde jaar werd Rudolf door de keurvorsten in Regensburg bevestigd als opvolger van zijn vader in het keizerrijk. Slechts enkele maanden later, in 1576, stierf Maximiliaan II plotseling. Rudolf, vierentwintig jaar oud, was nu een heerser die zijn rol zag als bemiddelaar tussen uitersten, zowel in het Rijk als in zijn patrimoniale heerschappijen.
In 1583 werd het keizerlijk hof van Wenen overgebracht naar Praag, dat nu zou worden uitgebouwd tot een prachtige residentie. De jonge keizer werd beschouwd als zeer gecultiveerd, getalenteerd en veelbelovend, maar ook volledig doordrongen van het begrip keizerlijke waardigheid, de duidelijkste uiting van zijn socialisatie aan het Spaanse hof. Gedurende de eerste decennia van zijn bewind werkte Rudolf vaardig aan de systematische uitbreiding van zijn soevereine rechten.
De donkere kanten van zijn karakter openbaarden zich echter spoedig. De keizer was bij tijden inconsequent en miste de overtuiging van zijn beslissingen. Fasen van manische activiteit werden gevolgd door perioden van totale apathie.