Jan van Helmont was een schilder van historie-onderwerpen, genretaferelen en portretten. Hij schilderde veel portretten van vooraanstaande persoonlijkheden uit zijn tijd, waaronder Johannes Jacobus Moretus en zijn vrouw Theresia Mechtildis Schilders (1717, Museum Plantin-Moretus), de toenmalige eigenaars van de drukkerij Plantin Moretus in Antwerpen. Hij kreeg regelmatig opdrachten van het Antwerpse stadsbestuur om portretten te schilderen van historische figuren zoals Alexander Farnese, hertog van Parma en om de portretten van de 34 vorsten in de statenzaal van het Antwerpse stadhuis te restaureren.
Sommige portretschilderijen van van Helmont werden later gegraveerd door de Nederlandse graveur Jacob Houbraken. Een voorbeeld is het Portret van Adriaan van Borssele van der Hooge, dat door Houbraken werd gegraveerd naar een tekening van Aart Schouman naar een schilderij van Jan van Helmont. Jan van Helmont maakte ontwerpen voor gravures van de Antwerpse graveur Gaspar Bouttats. Een voorbeeld is het wapenschild in een ovaal geflankeerd door engelen (ca. 1674 British Museum), een gravure van Bouttats naar een tekening van van Helmont van een gedenkplaat voor de adellijke dame Isabelle de Berchem.
Jan van Helmont maakte historieschilderijen over religieuze onderwerpen voor kerken in heel Vlaanderen, onder meer in Aalst, Willebroek en Wambeek.
In de collectie van het Museum voor Militaire Geschiedenis in Wenen bevindt zich een ‘wachtkamertafereel’ van Jan van Helmont. Een wachtkamertafereel stelt meestal een tafereel voor met officieren en soldaten die aan het feestvieren zijn. In wachtkamertaferelen waren vaak huurlingen en prostituees te zien die buit verdeelden, gevangenen lastigvielen of zich bezighielden met andere laakbare activiteiten. Het genre werd populair in het midden van de 17de eeuw, vooral in de Nederlandse Republiek. Ook in Vlaanderen waren er enkele beoefenaars van het genre waaronder David Teniers de Jonge, Abraham Teniers, Anton Goubau, Cornelis Mahu, Jan Baptist Tijssens de Jonge en de vader van Jan van Helmont, Mattheus. Van Helmont’s compositie toont soldaten voor een poort. Links houdt een soldaat een vlag omhoog boven een kanon, een stapel wapens, harnassen en een trommel. De wapenuitrusting was al verouderd op het moment dat het schilderij werd geschilderd, want metalen harnassen, borstplaten en helmen raakten vanaf de jaren 1620 in onbruik. Het is mogelijk dat het harnas, in overeenstemming met de moraliserende bedoeling van het genre, een verwijzing is naar het vanitas-motief van de vergankelijkheid van macht en roem.