Honduras is het op één na grootste land van Midden-Amerika. Het grenst in het noorden aan Guatemala, in het westen aan El Salvador en in het zuiden aan Nicaragua. De grenzen worden bepaald door het water. De Caraïbische Zee strekt zich uit over de hele kust van Honduras, en Honduras wordt begrensd door de Rio Montagua en de Rio Coco. Deze wateren bevatten ook een aantal kleine en grote eilanden die tot Honduras’ grondgebied behoren.
Mooie bergen zijn het bepalende kenmerk van het binnenland van Honduras. Ze maken meer dan 80% van het landoppervlak van het land uit. De westelijke bergen zijn adembenemend, de hoogste toppen reiken tot bijna 9.000 voet. De bergketens van Honduras worden gesplitst door een lange depressie die van noord naar zuid loopt en de enige laagvlakte vormt in het binnenland van het land.
De noordkust van Honduras bestaat uit riviervalleien en lage kustvlaktes. De kust in de buurt van de Guatemalteekse grens is sterk ontwikkeld; de oostelijke stranden zijn zeker meer gastvrij voor reizigers op zoek naar een beetje afzondering op hun kleine schip cruise naar Honduras. Honduras heeft een zeer korte kust langs de Stille Oceaan, die enigszins moerassig is en bezaaid met mangroves.