Aristoteles beschouwde de psychologie als een onderdeel van de natuurfilosofie, en hij schreef veel over de filosofie van de geest. Dit materiaal verschijnt in zijn ethische geschriften, in een systematische verhandeling over de aard van de ziel (De anima), en in een aantal kleinere monografieën over onderwerpen als zintuiglijke waarneming, geheugen, slaap, en dromen.
Voor de bioloog Aristoteles is de ziel niet, zoals in sommige geschriften van Plato het geval was, een balling uit een betere wereld die slecht gehuisvest is in een onedel lichaam. De essentie van de ziel wordt bepaald door haar relatie met een organische structuur. Niet alleen mensen, maar ook dieren en planten hebben een ziel, een intrinsiek principe van dierlijk en plantaardig leven. Een ziel, zegt Aristoteles, is “de actualiteit van een lichaam dat leven heeft”, waarbij leven betekent het vermogen tot zelfbehoud, groei en voortplanting. Als men een levende substantie beschouwt als een samenstelling van materie en vorm, dan is de ziel de vorm van een natuurlijk – of, zoals Aristoteles soms zegt, organisch – lichaam. Een organisch lichaam is een lichaam dat organen heeft, dat wil zeggen delen die specifieke functies hebben, zoals de mond van zoogdieren en de wortels van bomen.
De zielen van levende wezens worden door Aristoteles in een hiërarchie geordend. Planten hebben een vegetatieve of nutritieve ziel, die bestaat uit de krachten van groei, voeding en voortplanting. Dieren hebben daarnaast het vermogen om waar te nemen en zich voort te bewegen – zij bezitten een gevoelige ziel, en elk dier heeft ten minste één zintuig, waarvan de tastzin het meest universeel is. Wat kan voelen, kan ook behagen voelen; vandaar dat dieren, die zintuigen hebben, ook verlangens hebben. De mens heeft bovendien het verstand en het denkvermogen (logismos kai dianoia), dat een rationele ziel kan worden genoemd. De manier waarop Aristoteles de ziel en haar vermogens structureerde, beïnvloedde niet alleen de filosofie maar ook de wetenschap gedurende bijna twee millennia.
Aristoteles’ theoretische concept van de ziel verschilt van dat van Plato vóór hem en René Descartes (1596-1650) na hem. Een ziel is voor hem geen inwendige immateriële agent die op een lichaam inwerkt. Ziel en lichaam zijn niet meer van elkaar te onderscheiden dan de stempel van een zegel te onderscheiden is van de was waarop het is gedrukt. De delen van de ziel zijn bovendien vermogens, die van elkaar onderscheiden zijn door hun werkingen en hun voorwerpen. Het vermogen tot groei onderscheidt zich van het vermogen tot gewaarworden, omdat groeien en gewaarworden twee verschillende werkingen zijn, en het gezichtszintuig onderscheidt zich van het gehoorzintuig, niet omdat ogen van oren onderscheiden zijn, maar omdat kleuren van klanken onderscheiden zijn.
De voorwerpen van de zintuigen zijn er in twee soorten: die welke eigen zijn aan bepaalde zintuigen, zoals kleur, geluid, smaak en reuk, en die welke door meer dan één zintuig kunnen worden waargenomen, zoals beweging, getal, vorm en grootte. Men kan bijvoorbeeld zien of iets beweegt door ernaar te kijken of door het te voelen, en dus is beweging een “algemeen zintuig”. Hoewel er geen speciaal orgaan is om gewone zintuigen waar te nemen, is er wel een faculteit die Aristoteles een “centraal zintuig” noemt. Wanneer men bijvoorbeeld een paard tegenkomt, kan men het zien, horen, voelen en ruiken; het is het centrale zintuig dat deze gewaarwordingen verenigt in waarnemingen van één enkel voorwerp (hoewel de kennis dat dit voorwerp een paard is, voor Aristoteles eerder een functie van het verstand dan van het zintuig is).
Naast de vijf zintuigen en het centrale zintuig, erkent Aristoteles nog andere vermogens die later gegroepeerd werden als de “innerlijke zintuigen”, met name de verbeelding en het geheugen. Maar zelfs op zuiver filosofisch niveau zijn Aristoteles’ uiteenzettingen over de innerlijke zintuigen weinig bevredigend.
Op hetzelfde niveau binnen de hiërarchie als de zintuigen, die cognitieve vermogens zijn, is er ook een affectief vermogen, dat de locus van het spontane gevoel is. Dit is een deel van de ziel dat in wezen irrationeel is, maar dat in staat is door het verstand te worden beheerst. Het is de plaats van begeerte en hartstocht; wanneer het onder de controle van de rede wordt gebracht, is het de zetel van de morele deugden, zoals moed en matigheid. Het hoogste niveau van de ziel wordt ingenomen door het verstand of de rede, de plaats van het denken en het begrijpen. Het denken verschilt van het zintuiglijk waarnemen en is het voorrecht, op aarde, van de mens. Het denken is, evenals de gewaarwording, een kwestie van oordelen; maar de gewaarwording betreft bijzonderheden, terwijl de verstandelijke kennis betrekking heeft op algemeenheden. Het denken kan praktisch of theoretisch zijn, en daarom maakt Aristoteles onderscheid tussen een weloverwogen en een speculatief vermogen.
In een berucht moeilijke passage van De anima introduceert Aristoteles een verder onderscheid tussen twee soorten verstand: een passief verstand, dat “alle dingen kan worden”, en een actief verstand, dat “alle dingen kan maken”. De actieve geest, zegt hij, is “scheidbaar, ondoorgrondelijk en ongemengd”. In de oudheid en de Middeleeuwen werd deze passage op zeer verschillende manieren geïnterpreteerd. Sommigen – met name de Arabische commentatoren – identificeerden de scheidbare actieve geest met God of met een andere bovenmenselijke intelligentie. Anderen – vooral Latijnse commentatoren – meenden dat Aristoteles twee verschillende vermogens binnen het menselijk verstand aanwees: een actief intellect, dat concepten vormde, en een passief intellect, dat een opslagplaats was van ideeën en overtuigingen.
Als de tweede interpretatie juist is, dan erkent Aristoteles hier een deel van de menselijke ziel dat scheidbaar is van het lichaam en onsterfelijk is. Hier en elders is in Aristoteles, naast zijn standaard biologische opvatting van de ziel, een restant te bespeuren van een Platoonse visie volgens welke het intellect een afzonderlijke entiteit is die van het lichaam kan worden gescheiden. Niemand heeft een volkomen bevredigende verzoening tot stand gebracht tussen de biologische en de transcendente stromingen in het denken van Aristoteles.