In het afgelopen decennium zijn genomicabenaderingen begonnen met een revolutie in de studie van dierlijke diversiteit. In het bijzonder hebben genoomsequentieprogramma’s zich uitgebreid van de traditionele modelsoorten tot een toenemende diversiteit van dieren uit vele verschillende fyla, alsmede eukaryoten die nauw verwant zijn aan de dieren. Volledige genoomsequenties stellen onderzoekers in staat om met redelijke zekerheid het volledige complement van een bepaalde familie van genen in een genoom vast te stellen. Vergelijking van gencomplementen van passende genomen kan de evolutionaire geschiedenis van genfamilies onthullen, door aan te geven wanneer zowel gen-diversificatie als gen-verlies hebben plaatsgevonden. Meer dan dat, echter, geassembleerde genomen maken het mogelijk de genomische omgeving waarin individuele genen worden gevonden te analyseren en te vergelijken tussen soorten. Dit kan onthullen hoe gen-diversificatie heeft plaatsgevonden. Hier richten we ons op de Fox genen, waarbij we putten uit meerdere dierlijke genomen om een evolutionair raamwerk te ontwikkelen dat de timing en het mechanisme van ontstaan van de diversiteit van dierlijke Fox genen verklaart. Oude verbanden tussen genen zijn een prominent kenmerk van de Fox-genen, die een geschiedenis van genclusters afbeelden, waarvan sommige relevant kunnen zijn voor het begrijpen van de functie van Fox-genen.