De fossielen van de nu als Desmatochelys padillai bekende soort werden in de jaren 1940 in Colombia ontdekt. De eerste systematische studie werd verricht door Donald Thomas Jeremy Smith aan de Kingston Polytechnic in Surrey, Engeland. In een deel van zijn doctoraal proefschrift in 1989 stelde hij voor het specimen in te delen bij het geslacht Desmatochelys. Elizabeth L. Nicholls bevestigde deze indeling in 1992. Wegens zijn onvolledige kenmerken en gebrek aan informatie over de geologische omgeving, bleef de soort onbeschreven in het museum van de Universiteit van Californië, Berkeley. James Parham, één van de taxonomische autoriteiten van de soort, had de originele fossielen in Berkeley gezien toen hij nog een doctoraatskandidaat was in 1996. Hij herinnert zich: “Als ik in 1996 had geweten hoe oud de exemplaren in Berkeley waren, had ik ze zeker in mijn proefschrift opgenomen.” Betere specimens werden in 2007 ontdekt door hobby paleontologen, Mary Luz Parra en haar broers Juan en Freddy Parra. De specimens werden geborgen in Villa de Leyva in Colombia. De vindplaats ligt in de Paja Formatie, die reeds gedateerd is als behorend tot het Onder-Krijt, d.w.z. meer dan 120 miljoen jaar oud. De fossielen werden bewaard in de collecties van het Centro de Investigaciones Paleontológicas in Villa Leyva en het University of California Museum of Paleontology. De formele beschrijving werd verricht door Edwin Cadena van het Senckenberg Research Institute, en James Parham van de California State University.