De Spaanse verovering en kolonisatie van El Salvador begon in 1524 met de komst van een expeditie uit Guatemala onder leiding van Pedro de Alvarado. Alvarado’s troepen stuitten op de vastberaden tegenstand van een Nahua-stam, de Pipil, die een groot deel van het gebied ten westen van de Lempa rivier bezette. Maar dankzij superieure tactieken en bewapening konden de Spanjaarden doorstoten naar de Pipil hoofdstad Cuscatlán. Alvarado keerde spoedig terug naar Guatemala, maar een tweede expeditie, in 1525, stichtte een Spaanse stad genaamd San Salvador nabij de plaats waar Cuscatlán lag. De krijgers van Pipil dwongen de Spaanse kolonisten echter zich terug te trekken, en de gemeenschap zou verschillende keren worden verplaatst voordat zij in 1528 definitief werd gevestigd.
Daarna zou de stad San Salvador dienen als hoofdstad van een provincie met dezelfde naam die het grootste deel van het oostelijke driekwart van het grondgebied van het huidige El Salvador omvatte. Het gebied in het westen (dat de huidige regio’s Sonsonate, Santa Ana en Ahuachapán omvat), dat de Pipil Izalcos noemden, werd in 1558 georganiseerd als de autonome provincie Sonsonate en zou pas in 1823 deel gaan uitmaken van El Salvador.
Het land dat El Salvador zou vormen, werd het agrarische hart van het kapittel van Guatemala. Hoewel de meeste inwoners afhankelijk waren van zelfvoorzienende landbouw, vonden de meer fortuinlijke Spanjaarden rijkdom in de export van een verscheidenheid aan lokale produkten, die allemaal perioden van “boom en bust” kenden. Cacao was de belangrijkste bron van rijkdom in de 16e eeuw. De toegenomen concurrentie van andere kolonies leidde tot een duidelijke daling van de inkomsten uit cacao tegen 1590, en de volgende eeuw was duidelijk een periode van stagnatie voor de regio. Het herstel in de jaren 1700 was het gevolg van de toegenomen uitvoer van indigo.
De indigohandel leidde tot de ontwikkeling van een tamelijk geavanceerde vorm van commerciële landbouw en het ontstaan van grote landgoederen die werden geëxploiteerd door families waarvan de leden een leidende rol speelden in provinciale aangelegenheden. Voor de inheemse bevolking betekende de indigo-boom echter vooral een extra belasting voor een reeds uitgeputte beroepsbevolking.