Kilju kann durch Gärung von Zucker, Hefe und Wasser hergestellt werden, aber Kilju, der ausschließlich aus Zucker, Hefe und Wasser hergestellt wird, war in Finnland vor März 2018 illegal; daher wurden Getreide, Kartoffeln, Früchte oder Beeren während der Gärung verwendet, um rechtliche Probleme zu vermeiden und das Getränk zu aromatisieren. Orangen und Zitronen sind eine beliebte Wahl für diesen Zweck.
Der Prozess ähnelt dem des Selbstbrauens von Wein; er erfordert strenge Hygiene und das Filtern des Produkts. Richtig hergestelltes Kilju ist eine klare, farblose Flüssigkeit ohne erkennbaren Geschmack außer dem von Ethanol. Er kann durch Destillation zu Pontikka (finnischer Mondschein) veredelt werden. Er ähnelt dann dem Rum, da beide aus fermentierten Rohrzuckerprodukten destilliert werden, obwohl Rum oft aus Melasse, einem Nebenprodukt der Zuckerraffination, oder frischem Zuckerrohrsaft anstelle von raffiniertem, kristallisiertem Haushaltszucker hergestellt wird.
Kilju wird oft von Heimbrauern unsachgemäß hergestellt, die zulassen, dass Verunreinigungen die Gärung stören, oder die Flüssigkeit nicht angemessen filtern oder abfüllen oder kein Schönungsmittel verwenden. Letztere Fehler führen dazu, dass die Hefe in der Schwebe bleibt und die Mischung nicht klar, sondern trüb ist. Die Hefe ist nicht schädlich, kann aber einen unangenehmen Geschmack verursachen.
Als das Heimbrauen während der wirtschaftlichen Depression, die auf die finnische Bankenkrise Anfang der 1990er Jahre folgte, immer beliebter wurde, kamen Hefestämme auf den Markt, die als „Turbohefe“ bekannt sind. Diese Hefestämme ermöglichen eine sehr schnelle Gärung bis zur vollen Stärke, in manchen Fällen in nur drei Tagen (im Vergleich zu mehreren Wochen, die traditionelle Weinhefestämme benötigen). Bei einer so kurzen Produktionszeit kann die Hefe natürlich nicht zu Trub werden. Die Einführung der Turbohefe verstärkte in der Öffentlichkeit die Ansicht, dass Kilju eine einfache Methode zur Beschaffung von billigem Alkohol ist.