Jan van Helmont war ein Maler von historischen Themen, Genreszenen und Porträts. Er malte viele Porträts von prominenten Persönlichkeiten seiner Zeit, darunter Johannes Jacobus Moretus und seine Frau Theresia Mechtildis Schilders (1717, Plantin-Moretus-Museum), die damaligen Besitzer der Druckerei Plantin Moretus in Antwerpen. Er erhielt regelmäßig Aufträge von der Antwerpener Stadtverwaltung, um Porträts historischer Persönlichkeiten wie Alexander Farnese, Herzog von Parma, zu malen und die Porträts der 34 Herrscher im Prunksaal des Antwerpener Rathauses zu restaurieren.
Einige von van Helmonts Porträtgemälden wurden später von dem niederländischen Kupferstecher Jacob Houbraken gestochen. Ein Beispiel ist das Porträt von Adriaan van Borssele van der Hooge, das von Houbraken nach einer Zeichnung von Aart Schouman nach einem Gemälde von Jan van Helmont gestochen wurde. Jan van Helmont fertigte Entwürfe für Stiche des Antwerpener Kupferstechers Gaspar Bouttats an. Ein Beispiel ist das Wappen in einem von Engeln flankierten Oval (um 1674, British Museum), ein Stich von Bouttats nach einer Zeichnung von van Helmont für eine Gedenktafel für die adlige Dame Isabelle de Berchem.
Jan van Helmont schuf Historiengemälde zu religiösen Themen für Kirchen in ganz Flandern, unter anderem in Aalst, Willebroek und Wambeek.
Die Sammlung des Heeresgeschichtlichen Museums in Wien besitzt eine „Wachzimmerszene“ von Jan van Helmont. Eine Wachzimmerszene stellt typischerweise eine Szene mit Offizieren und Soldaten dar, die sich vergnügt haben. In Wachzimmerszenen waren oft Söldner und Prostituierte zu sehen, die ihre Beute aufteilten, Gefangene belästigten oder sich anderen verwerflichen Aktivitäten hingaben. Das Genre wurde in der Mitte des 17. Jahrhunderts vor allem in der Niederländischen Republik populär. Auch in Flandern gab es einige Vertreter dieses Genres, darunter David Teniers der Jüngere, Abraham Teniers, Anton Goubau, Cornelis Mahu, Jan Baptist Tijssens der Jüngere und Jan van Helmonts Vater Mattheus. Van Helmonts Komposition stellt Soldaten vor einem Tor dar. Auf der linken Seite hält ein Soldat eine Fahne über eine Kanone, einen Haufen Waffen, eine Rüstung und eine Trommel hoch. Die auf dem Bild dargestellte Rüstung war zum Zeitpunkt der Entstehung des Bildes bereits veraltet, da Metallpanzer, Brustpanzer und Helme ab den 1620er Jahren nicht mehr verwendet wurden. Möglicherweise ist die Rüstung im Sinne der moralisierenden Absicht des Genres ein Verweis auf das Vanitas-Motiv der Vergänglichkeit von Macht und Ruhm.