線虫門の生殖器には多くの多様性がありますが、典型的な特徴も多くあります。 雄の生殖器の基本的な構造は、1つの精巣、精嚢、そして膣につながる精管です。 精子は精巣で作られ、交尾するまで精嚢に貯蔵される。 これはH. Hirschmannが描いた絵で、Plant Parasitic Nematodes Vol. I, 1971, Academic Press pg. 52-53に示されている。 1〜2個の交尾棘は外陰部の透析に役立ち、また精子の通路としても機能する。 精子はアメーバ状で、さまざまな形をしている。 丸いものから卵形のもの、鞭打ち精子のようなものもある。
雌の基本構造は、1個または2個の卵巣、精嚢、子宮、卵管、子宮腔である。 卵巣は卵母細胞を産生し、これが後に卵母細胞に成長する。 精嚢は精子を貯蔵し、卵子と受精するのに必要な時期が来る。 受精した卵母細胞は、子宮内で卵子に成長する。 子宮はしばしば卵管で終わる。 卵管は非常に筋肉質で、線虫の高い体内圧力と体動を利用して膣から卵を排出する。 すべての線虫は卵を産みます。 ほとんどの線虫で交配受精が可能です。 両性具有もあり、線虫の生殖腺では精子が先に作られ、卵が作られるまで保存されます。 単為生殖も線虫の正常な生殖手段である
。