性同一性障害の治療は、患者さんの性同一性にまつわる苦痛を軽減することに重点を置いています。 これは、心理療法、特に弁証法的行動療法を意味し、セラピストは患者の感情を認め、効果的な対処法を身につけさせ、自傷行為や自殺行為などを回避する手助けをすることになります。 苦痛がうつ病や不安症につながった場合は、治療や薬物療法で治療することもあります。
患者によっては、ホルモン療法や性転換手術を希望する人もいれば、そうでない人もいます。 トランスジェンダーと内分泌学の団体は、ホルモン治療の開始を少なくとも16歳まで待つことを推奨していますが、個人にとって何が最善であるかを考慮する必要があります。 乳房の発達、声の深まり、顔の毛の成長といった第二次性徴の発達を止めるので、患者の体が自分の認めた性別と一致しない行動をとるという、さらなる苦痛も防ぐことができます。